Paket: prime-phylo (1.0.11-13 und andere)

[ Quellcode: prime-phylo  ]

bayesian estimation of gene trees taking the species tree into account

PrIME (Probabilistic Integrated Models of Evolution) is a package supporting inference of evolutionary parameters in a Bayesian framework using Markov chain Monte Carlo simulation. A distinguishing feature of PrIME is that the species tree is taken into account when analyzing gene trees.

The input data to PrIME is a multiple sequence alignment in FASTA format and the output data contains trees in Newick format.

Andere Pakete mit Bezug zu prime-phylo

• dep: libblas3

  Grundlegende Unterprogramme für Lineare Algebra, gemeinsame Bibliothek

  oder libblas.so.3

  virtuelles Paket, bereitgestellt durch libatlas3-base, libblas3, libblis4-openmp, libblis4-pthread, libblis4-serial, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial

• dep: libboost-mpi1.74.0 (>= 1.74.0+ds1) [x32]

  C++ interface to the Message Passing Interface (MPI)

• dep: libboost-mpi1.83.0 (>= 1.83.0) [nicht x32]

  C++ interface to the Message Passing Interface (MPI)

• dep: libboost-serialization1.74.0 (>= 1.74.0+ds1) [x32]

  Serialisierungsbibliothek für C++

• dep: libboost-serialization1.83.0 (>= 1.83.0) [nicht x32]

  Serialisierungsbibliothek für C++

• dep: libc6 (>= 2.34) [hppa, m68k]

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.38) [nicht alpha, hppa, ia64, loong64, m68k, sh4]

  dep: libc6 (>= 2.40) [loong64]

• dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]

• dep: libgcc-s1 (>= 14.2.0-9+b1) [loong64]

  GCC Support-Bibliothek

  dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, s390x, x32]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, sh4, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4) [ppc64, ppc64el]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.5) [arm64, mips64el, riscv64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  GCC Support-Bibliothek

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  GCC Support-Bibliothek

• dep: liblapack3

  Bibliothek von Routinen für Lineare Algebra (3) - gemeinsame Version

  oder liblapack.so.3

  virtuelles Paket, bereitgestellt durch libatlas3-base, liblapack3, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial

• dep: libopenmpi3t64 (>= 4.1.6) [hppa, ia64, m68k, sh4, x32]

  Leistungsstarke Message-Passing-Bibliothek - Laufzeitbibliotheken

• dep: libopenmpi40 (>= 5.0.6) [nicht hppa, ia64, m68k, sh4, x32]

  Leistungsstarke Message-Passing-Bibliothek - Laufzeitbibliotheken

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [hppa, ia64, m68k, sh4]

  GNU-Implementierung der Standard-C++-Bibliothek (Version 3)

  dep: libstdc++6 (>= 14) [nicht alpha, hppa, ia64, m68k, sh4]

  dep: libstdc++6 (>= 14.2.0-8) [alpha]

• dep: libunwind8 [ia64]

  Bibliothek zur Ermittlung der Aufrufkette eines Programms - Laufzeit

• dep: libxml2 (>= 2.7.4)

  GNOME-XML-Bibliothek

• dep: perl

  Larry Wall's Practical Extraction und Report Language

• sug: mafft

  Programm für multiples Alignment von Aminosäure- oder Nukleotidsequenzen

• sug: mrbayes

  Bayessche Inferenz der Phylogenie

• sug: muscle

  Multiple alignment program of protein sequences

• sug: njplot

  Programm zur Darstellung phylogenetischer Bäume

• sug: phyml

  Phylogenetic estimation using Maximum Likelihood

• sug: probalign

  multiple sequence alignment using partition function posterior probabilities

• sug: python3-biopython

  Python-3-Bibliothek für die Bioinformatik

• sug: raxml

  Randomized Axelerated Maximum Likelihood von phylogenetischen Bäumen

• sug: treeviewx

  Anzeige und Druck phylogenetischer Bäume

prime-phylo herunterladen

Download für alle verfügbaren Architekturen

Architektur	Version	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
alpha (inoffizielle Portierung)	1.0.11-13+b1	742,4 kB	3.598,0 kB	[Liste der Dateien]
amd64	1.0.11-13+b1	825,4 kB	3.160,0 kB	[Liste der Dateien]
arm64	1.0.11-13+b1	727,5 kB	3.319,0 kB	[Liste der Dateien]
hppa (inoffizielle Portierung)	1.0.11-11	818,0 kB	3.309,0 kB	[Liste der Dateien]
ia64 (inoffizielle Portierung)	1.0.11-11	892,6 kB	5.266,0 kB	[Liste der Dateien]
loong64 (inoffizielle Portierung)	1.0.11-13+b1	762,4 kB	3.029,0 kB	[Liste der Dateien]
m68k (inoffizielle Portierung)	1.0.11-11	789,0 kB	2.992,0 kB	[Liste der Dateien]
mips64el	1.0.11-13+b1	712,7 kB	3.703,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64 (inoffizielle Portierung)	1.0.11-13+b1	802,8 kB	4.088,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64el	1.0.11-13+b1	808,5 kB	3.767,0 kB	[Liste der Dateien]
riscv64	1.0.11-13+b1	794,1 kB	2.527,0 kB	[Liste der Dateien]
s390x	1.0.11-13+b1	789,2 kB	3.159,0 kB	[Liste der Dateien]
sh4 (inoffizielle Portierung)	1.0.11-11	908,2 kB	3.255,0 kB	[Liste der Dateien]
sparc64 (inoffizielle Portierung)	1.0.11-13+b1	650,8 kB	13.513,0 kB	[Liste der Dateien]
x32 (inoffizielle Portierung)	1.0.11-12	842,2 kB	2.935,0 kB	[Liste der Dateien]