套件：prime-phylo（1.0.11-13 以及其他的）

[ 原始碼： prime-phylo  ]

bayesian estimation of gene trees taking the species tree into account

PrIME (Probabilistic Integrated Models of Evolution) is a package supporting inference of evolutionary parameters in a Bayesian framework using Markov chain Monte Carlo simulation. A distinguishing feature of PrIME is that the species tree is taken into account when analyzing gene trees.

The input data to PrIME is a multiple sequence alignment in FASTA format and the output data contains trees in Newick format.

其他與 prime-phylo 有關的套件

• dep: libblas3

  Basic Linear Algebra Reference implementations, shared library

  或者 libblas.so.3

  本虛擬套件由這些套件填實： libatlas3-base, libblas3, libblis4-openmp, libblis4-pthread, libblis4-serial, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial

• dep: libboost-mpi1.74.0 (>= 1.74.0+ds1) [x32]

  C++ interface to the Message Passing Interface (MPI)

• dep: libboost-mpi1.83.0 (>= 1.83.0) [除 x32]

  C++ interface to the Message Passing Interface (MPI)

• dep: libboost-serialization1.74.0 (>= 1.74.0+ds1) [x32]

  serialization library for C++

• dep: libboost-serialization1.83.0 (>= 1.83.0) [除 x32]

  serialization library for C++

• dep: libc6 (>= 2.34) [hppa, m68k]

  GNU C 函式庫：共用函式庫
  同時作為一個虛擬套件由這些套件填實： libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.38) [除 alpha, hppa, ia64, loong64, m68k, sh4]

  dep: libc6 (>= 2.40) [loong64]

• dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

  GNU C 函式庫：共用函式庫
  同時作為一個虛擬套件由這些套件填實： libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]

• dep: libgcc-s1 (>= 14.2.0-9+b1) [loong64]

  GCC 支援函式庫

  dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, s390x, x32]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, sh4, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4) [ppc64, ppc64el]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.5) [arm64, mips64el, riscv64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  GCC 支援函式庫

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  GCC 支援函式庫

• dep: liblapack3

  Library of linear algebra routines 3 - shared version

  或者 liblapack.so.3

  本虛擬套件由這些套件填實： libatlas3-base, liblapack3, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial

• dep: libopenmpi3t64 (>= 4.1.6) [hppa, ia64, m68k, sh4, x32]

  high performance message passing library -- shared library

• dep: libopenmpi40 (>= 5.0.6) [除 hppa, ia64, m68k, sh4, x32]

  high performance message passing library -- shared library

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [hppa, ia64, m68k, sh4]

  GNU Standard C++ Library v3

  dep: libstdc++6 (>= 14) [除 alpha, hppa, ia64, m68k, sh4]

  dep: libstdc++6 (>= 14.2.0-8) [alpha]

• dep: libunwind8 [ia64]

  library to determine the call-chain of a program - runtime

• dep: libxml2 (>= 2.7.4)

  GNOME XML library

• dep: perl

  Larry Wall's Practical Extraction and Report Language

• sug: mafft

  Multiple alignment program for amino acid or nucleotide sequences

• sug: mrbayes

  Bayesian Inference of Phylogeny

• sug: muscle

  Multiple alignment program of protein sequences

• sug: njplot

  phylogenetic tree drawing program

• sug: phyml

  Phylogenetic estimation using Maximum Likelihood

• sug: probalign

  multiple sequence alignment using partition function posterior probabilities

• sug: python3-biopython

  Python3 library for bioinformatics

• sug: raxml

  Randomized Axelerated Maximum Likelihood of phylogenetic trees

• sug: treeviewx

  Displays and prints phylogenetic trees

下載 prime-phylo

下載可用於所有硬體架構的

硬體架構	版本	套件大小	安裝後大小	檔案
alpha （非官方移植版）	1.0.11-13+b1	742。4 kB	3，598。0 kB	[檔案列表]
amd64	1.0.11-13+b1	825。4 kB	3，160。0 kB	[檔案列表]
arm64	1.0.11-13+b1	727。5 kB	3，319。0 kB	[檔案列表]
hppa （非官方移植版）	1.0.11-11	818。0 kB	3，309。0 kB	[檔案列表]
ia64 （非官方移植版）	1.0.11-11	892。6 kB	5，266。0 kB	[檔案列表]
loong64 （非官方移植版）	1.0.11-13+b1	762。4 kB	3，029。0 kB	[檔案列表]
m68k （非官方移植版）	1.0.11-11	789。0 kB	2，992。0 kB	[檔案列表]
mips64el	1.0.11-13+b1	712。7 kB	3，703。0 kB	[檔案列表]
ppc64 （非官方移植版）	1.0.11-13+b1	802。8 kB	4，088。0 kB	[檔案列表]
ppc64el	1.0.11-13+b1	808。5 kB	3，767。0 kB	[檔案列表]
riscv64	1.0.11-13+b1	794。1 kB	2，527。0 kB	[檔案列表]
s390x	1.0.11-13+b1	789。2 kB	3，159。0 kB	[檔案列表]
sh4 （非官方移植版）	1.0.11-11	908。2 kB	3，255。0 kB	[檔案列表]
sparc64 （非官方移植版）	1.0.11-13+b1	650。8 kB	13，513。0 kB	[檔案列表]
x32 （非官方移植版）	1.0.11-12	842。2 kB	2，935。0 kB	[檔案列表]