Pacote: prime-phylo (1.0.11-13 e outros)

[ Fonte: prime-phylo  ]

bayesian estimation of gene trees taking the species tree into account

PrIME (Probabilistic Integrated Models of Evolution) is a package supporting inference of evolutionary parameters in a Bayesian framework using Markov chain Monte Carlo simulation. A distinguishing feature of PrIME is that the species tree is taken into account when analyzing gene trees.

The input data to PrIME is a multiple sequence alignment in FASTA format and the output data contains trees in Newick format.

Outros pacotes relacionados a prime-phylo

• dep: libblas3

  Implementações de Referências Básicas de Álgebra Linear , Biblioteca compartilhada

  ou libblas.so.3

  pacote virtual fornecido por libatlas3-base, libblas3, libblis4-openmp, libblis4-pthread, libblis4-serial, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial

• dep: libboost-mpi1.74.0 (>= 1.74.0+ds1) [x32]

  C++ interface to the Message Passing Interface (MPI)

• dep: libboost-mpi1.83.0 (>= 1.83.0) [não x32]

  C++ interface to the Message Passing Interface (MPI)

• dep: libboost-serialization1.74.0 (>= 1.74.0+ds1) [x32]

  serialization library for C++

• dep: libboost-serialization1.83.0 (>= 1.83.0) [não x32]

  serialization library for C++

• dep: libc6 (>= 2.34) [hppa, m68k]

  GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
  também um pacote virtual fornecido por libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.38) [não alpha, hppa, ia64, loong64, m68k, sh4]

  dep: libc6 (>= 2.40) [loong64]

• dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

  GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
  também um pacote virtual fornecido por libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]

• dep: libgcc-s1 (>= 14.2.0-9+b1) [loong64]

  Biblioteca de suporte GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, s390x, x32]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, sh4, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4) [ppc64, ppc64el]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.5) [arm64, mips64el, riscv64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  Biblioteca de suporte GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  Biblioteca de suporte GCC

• dep: liblapack3

  Biblioteca de rotinas de álgebra linear 3 - versão compartilhada

  ou liblapack.so.3

  pacote virtual fornecido por libatlas3-base, liblapack3, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial

• dep: libopenmpi3t64 (>= 4.1.6) [hppa, ia64, m68k, sh4, x32]

  high performance message passing library -- shared library

• dep: libopenmpi40 (>= 5.0.6) [não hppa, ia64, m68k, sh4, x32]

  high performance message passing library -- shared library

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [hppa, ia64, m68k, sh4]

  Biblioteca C++ padrão da GNU v3

  dep: libstdc++6 (>= 14) [não alpha, hppa, ia64, m68k, sh4]

  dep: libstdc++6 (>= 14.2.0-8) [alpha]

• dep: libunwind8 [ia64]

  biblioteca para determinar a cadeia de chamadas de um programa - execução

• dep: libxml2 (>= 2.7.4)

  biblioteca XML GNOME

• dep: perl

  Linguagem de extração e relatórios prática de Larry Wall

• sug: mafft

  Multiple alignment program for amino acid or nucleotide sequences

• sug: mrbayes

  Bayesian Inference of Phylogeny

• sug: muscle

  Multiple alignment program of protein sequences

• sug: njplot

  programa de desenho de árvore filogenética

• sug: phyml

  Phylogenetic estimation using Maximum Likelihood

• sug: probalign

  multiple sequence alignment using partition function posterior probabilities

• sug: python3-biopython

  Python3 library for bioinformatics

• sug: raxml

  Randomized Axelerated Maximum Likelihood of phylogenetic trees

• sug: treeviewx

  Displays and prints phylogenetic trees

Download de prime-phylo

Baixe para todas as arquiteturas disponíveis

Arquitetura	Versão	Tamanho do pacote	Tamanho instalado	Arquivos
alpha (porte não oficial)	1.0.11-13+b1	742.4 kB	3,598.0 kB	[lista de arquivos]
amd64	1.0.11-13+b1	825.4 kB	3,160.0 kB	[lista de arquivos]
arm64	1.0.11-13+b1	727.5 kB	3,319.0 kB	[lista de arquivos]
hppa (porte não oficial)	1.0.11-11	818.0 kB	3,309.0 kB	[lista de arquivos]
ia64 (porte não oficial)	1.0.11-11	892.6 kB	5,266.0 kB	[lista de arquivos]
loong64 (porte não oficial)	1.0.11-13+b1	762.4 kB	3,029.0 kB	[lista de arquivos]
m68k (porte não oficial)	1.0.11-11	789.0 kB	2,992.0 kB	[lista de arquivos]
mips64el	1.0.11-13+b1	712.7 kB	3,703.0 kB	[lista de arquivos]
ppc64 (porte não oficial)	1.0.11-13+b1	802.8 kB	4,088.0 kB	[lista de arquivos]
ppc64el	1.0.11-13+b1	808.5 kB	3,767.0 kB	[lista de arquivos]
riscv64	1.0.11-13+b1	794.1 kB	2,527.0 kB	[lista de arquivos]
s390x	1.0.11-13+b1	789.2 kB	3,159.0 kB	[lista de arquivos]
sh4 (porte não oficial)	1.0.11-11	908.2 kB	3,255.0 kB	[lista de arquivos]
sparc64 (porte não oficial)	1.0.11-13+b1	650.8 kB	13,513.0 kB	[lista de arquivos]
x32 (porte não oficial)	1.0.11-12	842.2 kB	2,935.0 kB	[lista de arquivos]