Paket: tree-ppuzzle (5.3~rc16+dfsg-12 ve diğerleri)

[ Kaynak: tree-puzzle  ]

Parallelized reconstruction of phylogenetic trees by maximum likelihood

TREE-PUZZLE (the new name for PUZZLE) is an interactive console program that implements a fast tree search algorithm, quartet puzzling, that allows analysis of large data sets and automatically assigns estimations of support to each internal branch. TREE-PUZZLE also computes pairwise maximum likelihood distances as well as branch lengths for user specified trees. Branch lengths can also be calculated under the clock-assumption. In addition, TREE-PUZZLE offers a novel method, likelihood mapping, to investigate the support of a hypothesized internal branch without computing an overall tree and to visualize the phylogenetic content of a sequence alignment.

This is the parallelized version of tree-puzzle.

Etiketler: Alan: Biyoloji, Biyoinformatik, Geliştirildiği dil: implemented-in::c, interface::commandline, Rol: Program, Kapsam: Yardımcı Araç, Amaç: use::analysing, use::comparing, Desteklenen Biçimler: Düz Metin, Şununla çalışır: Ek etiket gerektiriyor

tree-ppuzzle ile İlgili Diğer Paketler

• dep: libc6 (>= 2.34) [alpha, ia64, loong64, sh4 değil]

  GNU C Library: Shared libraries
  ayrıca şunun tarafından sağlanan bir sanal paket libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.40) [loong64, sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  GNU C Library: Shared libraries
  ayrıca şunun tarafından sağlanan bir sanal paket libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libmpich12 [armel, armhf, hppa, i386, m68k, sh4]

  Shared libraries for MPICH

  dep: libmpich12 (>= 4.2.0) [x32]

• dep: libopenmpi3t64 (>= 4.1.6) [ia64]

  high performance message passing library -- shared library

• dep: libopenmpi40 (>= 5.0.6) [armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, sh4, x32 değil]

  high performance message passing library -- shared library

• dep: libsprng2

  SPRNG Scalable Parallel RNG library -- library package

• dep: mpi-default-bin [ia64 değil]

  Standard MPI runtime programs (metapackage)

• dep: openmpi-bin [ia64]

  high performance message passing library -- binaries

• rec: tree-puzzle-doc

  Reconstruction of phylogenetic trees by maximum likelihood (doc)

• sug: phylip

  package of programs for inferring phylogenies

• sug: treetool

  Paket mevcut değil

tree-ppuzzle indir

Tüm mevcut mimariler için indir

Mimari	Sürüm	Paket Boyutu	Kurulu Boyut	Dosyalar
alpha (resmi olmayan port)	5.3~rc16+dfsg-12+b1	183,1 kB	557,0 kB	[dosya listesi]
amd64	5.3~rc16+dfsg-12+b1	183,4 kB	441,0 kB	[dosya listesi]
arm64	5.3~rc16+dfsg-12+b1	167,8 kB	429,0 kB	[dosya listesi]
armel	5.3~rc16+dfsg-12	176,1 kB	451,0 kB	[dosya listesi]
armhf	5.3~rc16+dfsg-12	167,1 kB	331,0 kB	[dosya listesi]
hppa (resmi olmayan port)	5.3~rc16+dfsg-12	173,1 kB	436,0 kB	[dosya listesi]
i386	5.3~rc16+dfsg-12	196,1 kB	539,0 kB	[dosya listesi]
ia64 (resmi olmayan port)	5.3~rc16+dfsg-9+b1	233,7 kB	860,0 kB	[dosya listesi]
loong64 (resmi olmayan port)	5.3~rc16+dfsg-12+b1	175,1 kB	444,0 kB	[dosya listesi]
m68k (resmi olmayan port)	5.3~rc16+dfsg-12	164,9 kB	451,0 kB	[dosya listesi]
mips64el	5.3~rc16+dfsg-12+b1	185,6 kB	575,0 kB	[dosya listesi]
ppc64 (resmi olmayan port)	5.3~rc16+dfsg-12+b1	196,3 kB	557,0 kB	[dosya listesi]
ppc64el	5.3~rc16+dfsg-12+b1	193,8 kB	557,0 kB	[dosya listesi]
riscv64	5.3~rc16+dfsg-12+b1	186,8 kB	385,0 kB	[dosya listesi]
s390x	5.3~rc16+dfsg-12+b1	196,9 kB	492,0 kB	[dosya listesi]
sh4 (resmi olmayan port)	5.3~rc16+dfsg-12	198,7 kB	428,0 kB	[dosya listesi]
sparc64 (resmi olmayan port)	5.3~rc16+dfsg-12+b1	168,1 kB	1.071,0 kB	[dosya listesi]
x32 (resmi olmayan port)	5.3~rc16+dfsg-12	178,9 kB	419,0 kB	[dosya listesi]