パッケージ: tree-ppuzzle (5.3~rc16+dfsg-12 など)

[ ソース: tree-puzzle  ]

最尤法による系統樹の再構築 (並列化版)

TREE-PUZZLE (PUZZLE の新たな名前) は対話式のコンソールプログラムで、 巨大なデータセットを解析して、個々の内分枝の支持の推定を自動的に 割り当てる高速なツリー検索アルゴリズム quartet puzzling を実装しています。 TREE-PUZZLE はまた、ユーザが指定した系統樹に対して、その枝長だけで なく、ペアワイズ最尤距離も計算します。枝長は分子時計の仮定の下でも 計算することができます。さらに、TREE-PUZZLE は、仮定した内分枝の支持を ツリー全体を計算することなく調査し、配列アライメントの系統学的な 内容を視覚化する、尤度マッピングという新たな方法を提供します。

このパッケージは tree-puzzle の並列化バージョンです。

タグ: 分野: 生物学, バイオインフォマティクス, 実装言語: implemented-in::c, interface::commandline, 役割: プログラム, 対象範囲: ユーティリティ, 目的: use::analysing, use::comparing, サポート形式: プレーンテキスト, 取り扱い対象: 追加のタグが必要

その他の tree-ppuzzle 関連パッケージ

• dep: libc6 (>= 2.34) [alpha, ia64, sh4 以外]

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.40) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libmpich12 [armel, armhf, hppa, i386, m68k, sh4]

  Shared libraries for MPICH

  dep: libmpich12 (>= 4.2.0) [x32]

• dep: libopenmpi3t64 (>= 4.1.6) [ia64]

  high performance message passing library -- shared library

• dep: libopenmpi40 (>= 5.0.6) [armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, sh4, x32 以外]

  high performance message passing library -- shared library

• dep: libsprng2

  SPRNG Scalable Parallel RNG library -- library package

• dep: mpi-default-bin [ia64 以外]

  Standard MPI runtime programs (metapackage)

• dep: openmpi-bin [ia64]

  high performance message passing library -- binaries

• rec: tree-puzzle-doc

  Reconstruction of phylogenetic trees by maximum likelihood (doc)

• sug: phylip

  package of programs for inferring phylogenies

• sug: treetool

  パッケージは利用できません

tree-ppuzzle のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード

アーキテクチャ	バージョン	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
alpha (非公式の移植版)	5.3~rc16+dfsg-12+b1	183.1 kB	557.0 kB	[ファイル一覧]
amd64	5.3~rc16+dfsg-12+b1	183.4 kB	441.0 kB	[ファイル一覧]
arm64	5.3~rc16+dfsg-12+b1	167.8 kB	429.0 kB	[ファイル一覧]
armel	5.3~rc16+dfsg-12	176.1 kB	451.0 kB	[ファイル一覧]
armhf	5.3~rc16+dfsg-12	167.1 kB	331.0 kB	[ファイル一覧]
hppa (非公式の移植版)	5.3~rc16+dfsg-12	173.1 kB	436.0 kB	[ファイル一覧]
i386	5.3~rc16+dfsg-12	196.1 kB	539.0 kB	[ファイル一覧]
ia64 (非公式の移植版)	5.3~rc16+dfsg-9+b1	233.7 kB	860.0 kB	[ファイル一覧]
m68k (非公式の移植版)	5.3~rc16+dfsg-12	164.9 kB	451.0 kB	[ファイル一覧]
mips64el	5.3~rc16+dfsg-12+b1	185.6 kB	575.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64 (非公式の移植版)	5.3~rc16+dfsg-12+b1	196.3 kB	557.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64el	5.3~rc16+dfsg-12+b1	193.8 kB	557.0 kB	[ファイル一覧]
riscv64	5.3~rc16+dfsg-12+b1	186.8 kB	385.0 kB	[ファイル一覧]
s390x	5.3~rc16+dfsg-12+b1	196.9 kB	492.0 kB	[ファイル一覧]
sh4 (非公式の移植版)	5.3~rc16+dfsg-12	198.7 kB	428.0 kB	[ファイル一覧]
sparc64 (非公式の移植版)	5.3~rc16+dfsg-12+b1	168.1 kB	1,071.0 kB	[ファイル一覧]
x32 (非公式の移植版)	5.3~rc16+dfsg-12	178.9 kB	419.0 kB	[ファイル一覧]