Пакет: tree-ppuzzle (5.3~rc16+dfsg-12 и други)

[ Източник: tree-puzzle  ]

Parallelized reconstruction of phylogenetic trees by maximum likelihood

TREE-PUZZLE (the new name for PUZZLE) is an interactive console program that implements a fast tree search algorithm, quartet puzzling, that allows analysis of large data sets and automatically assigns estimations of support to each internal branch. TREE-PUZZLE also computes pairwise maximum likelihood distances as well as branch lengths for user specified trees. Branch lengths can also be calculated under the clock-assumption. In addition, TREE-PUZZLE offers a novel method, likelihood mapping, to investigate the support of a hypothesized internal branch without computing an overall tree and to visualize the phylogenetic content of a sequence alignment.

This is the parallelized version of tree-puzzle.

Етикети: Field: Biology, Bioinformatics, Implemented in: implemented-in::c, interface::commandline, Role: Program, Scope: Utility, Purpose: use::analysing, use::comparing, Supports Format: Plain Text, Works with: Need an extra tag

Други пакети, свързани с tree-ppuzzle

• dep: libc6 (>= 2.34) [не alpha, ia64, sh4]

  GNU C Library: Shared libraries
  също и виртуален пакет, предлаган от libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.40) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  GNU C Library: Shared libraries
  също и виртуален пакет, предлаган от libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libmpich12 [armel, armhf, hppa, i386, m68k, sh4]

  Shared libraries for MPICH

  dep: libmpich12 (>= 4.2.0) [x32]

• dep: libopenmpi3t64 (>= 4.1.6) [ia64]

  high performance message passing library -- shared library

• dep: libopenmpi40 (>= 5.0.6) [не armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, sh4, x32]

  high performance message passing library -- shared library

• dep: libsprng2

  SPRNG Scalable Parallel RNG library -- library package

• dep: mpi-default-bin [не ia64]

  Standard MPI runtime programs (metapackage)

• dep: openmpi-bin [ia64]

  high performance message passing library -- binaries

• rec: tree-puzzle-doc

  Reconstruction of phylogenetic trees by maximum likelihood (doc)

• sug: phylip

  package of programs for inferring phylogenies

• sug: treetool

  Пакетът не е наличен

Изтегляне на tree-ppuzzle

Изтегляне за всички налични архитектури

Архитектура	Версия	Големина на пакета	Големина след инсталиране	Файлове
alpha (неофициална архитектура)	5.3~rc16+dfsg-12+b1	183,1 кБ	557,0 кБ	[списък на файловете]
amd64	5.3~rc16+dfsg-12+b1	183,4 кБ	441,0 кБ	[списък на файловете]
arm64	5.3~rc16+dfsg-12+b1	167,8 кБ	429,0 кБ	[списък на файловете]
armel	5.3~rc16+dfsg-12	176,1 кБ	451,0 кБ	[списък на файловете]
armhf	5.3~rc16+dfsg-12	167,1 кБ	331,0 кБ	[списък на файловете]
hppa (неофициална архитектура)	5.3~rc16+dfsg-12	173,1 кБ	436,0 кБ	[списък на файловете]
i386	5.3~rc16+dfsg-12	196,1 кБ	539,0 кБ	[списък на файловете]
ia64 (неофициална архитектура)	5.3~rc16+dfsg-9+b1	233,7 кБ	860,0 кБ	[списък на файловете]
m68k (неофициална архитектура)	5.3~rc16+dfsg-12	164,9 кБ	451,0 кБ	[списък на файловете]
mips64el	5.3~rc16+dfsg-12+b1	185,6 кБ	575,0 кБ	[списък на файловете]
ppc64 (неофициална архитектура)	5.3~rc16+dfsg-12+b1	196,3 кБ	557,0 кБ	[списък на файловете]
ppc64el	5.3~rc16+dfsg-12+b1	193,8 кБ	557,0 кБ	[списък на файловете]
riscv64	5.3~rc16+dfsg-12+b1	186,8 кБ	385,0 кБ	[списък на файловете]
s390x	5.3~rc16+dfsg-12+b1	196,9 кБ	492,0 кБ	[списък на файловете]
sh4 (неофициална архитектура)	5.3~rc16+dfsg-12	198,7 кБ	428,0 кБ	[списък на файловете]
sparc64 (неофициална архитектура)	5.3~rc16+dfsg-12+b1	168,1 кБ	1 071,0 кБ	[списък на файловете]
x32 (неофициална архитектура)	5.3~rc16+dfsg-12	178,9 кБ	419,0 кБ	[списък на файловете]