Пакет: tree-ppuzzle (5.3~rc16+dfsg-12 и другие)

[ Источник: tree-puzzle  ]

Parallelized reconstruction of phylogenetic trees by maximum likelihood

TREE-PUZZLE (the new name for PUZZLE) is an interactive console program that implements a fast tree search algorithm, quartet puzzling, that allows analysis of large data sets and automatically assigns estimations of support to each internal branch. TREE-PUZZLE also computes pairwise maximum likelihood distances as well as branch lengths for user specified trees. Branch lengths can also be calculated under the clock-assumption. In addition, TREE-PUZZLE offers a novel method, likelihood mapping, to investigate the support of a hypothesized internal branch without computing an overall tree and to visualize the phylogenetic content of a sequence alignment.

This is the parallelized version of tree-puzzle.

Теги: Область: Биология, Биоинформатика, Реализовано на: implemented-in::c, interface::commandline, Роль: Программа, Область: Утилита, Цель: use::analysing, use::comparing, Поддерживаемые форматы: Простой текст, Работает с: Требуется дополнительный тег

Другие пакеты, относящиеся к tree-ppuzzle

• dep: libc6 (>= 2.34) [не alpha, ia64, loong64, sh4]

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.40) [loong64, sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libmpich12 [armel, armhf, hppa, i386, m68k, sh4]

  Shared libraries for MPICH

  dep: libmpich12 (>= 4.2.0) [x32]

• dep: libopenmpi3t64 (>= 4.1.6) [ia64]

  high performance message passing library -- shared library

• dep: libopenmpi40 (>= 5.0.6) [не armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, sh4, x32]

  high performance message passing library -- shared library

• dep: libsprng2

  SPRNG Scalable Parallel RNG library -- library package

• dep: mpi-default-bin [не ia64]

  Standard MPI runtime programs (metapackage)

• dep: openmpi-bin [ia64]

  high performance message passing library -- binaries

• rec: tree-puzzle-doc

  Reconstruction of phylogenetic trees by maximum likelihood (doc)

• sug: phylip

  package of programs for inferring phylogenies

• sug: treetool

  Пакет недоступен

Загрузка tree-ppuzzle

Загрузить для всех доступных архитектур

Архитектура	Версия	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
alpha (неофициальный перенос)	5.3~rc16+dfsg-12+b1	183,1 Кб	557,0 Кб	[список файлов]
amd64	5.3~rc16+dfsg-12+b1	183,4 Кб	441,0 Кб	[список файлов]
arm64	5.3~rc16+dfsg-12+b1	167,8 Кб	429,0 Кб	[список файлов]
armel	5.3~rc16+dfsg-12	176,1 Кб	451,0 Кб	[список файлов]
armhf	5.3~rc16+dfsg-12	167,1 Кб	331,0 Кб	[список файлов]
hppa (неофициальный перенос)	5.3~rc16+dfsg-12	173,1 Кб	436,0 Кб	[список файлов]
i386	5.3~rc16+dfsg-12	196,1 Кб	539,0 Кб	[список файлов]
ia64 (неофициальный перенос)	5.3~rc16+dfsg-9+b1	233,7 Кб	860,0 Кб	[список файлов]
loong64 (неофициальный перенос)	5.3~rc16+dfsg-12+b1	175,1 Кб	444,0 Кб	[список файлов]
m68k (неофициальный перенос)	5.3~rc16+dfsg-12	164,9 Кб	451,0 Кб	[список файлов]
mips64el	5.3~rc16+dfsg-12+b1	185,6 Кб	575,0 Кб	[список файлов]
ppc64 (неофициальный перенос)	5.3~rc16+dfsg-12+b1	196,3 Кб	557,0 Кб	[список файлов]
ppc64el	5.3~rc16+dfsg-12+b1	193,8 Кб	557,0 Кб	[список файлов]
riscv64	5.3~rc16+dfsg-12+b1	186,8 Кб	385,0 Кб	[список файлов]
s390x	5.3~rc16+dfsg-12+b1	196,9 Кб	492,0 Кб	[список файлов]
sh4 (неофициальный перенос)	5.3~rc16+dfsg-12	198,7 Кб	428,0 Кб	[список файлов]
sparc64 (неофициальный перенос)	5.3~rc16+dfsg-12+b1	168,1 Кб	1 071,0 Кб	[список файлов]
x32 (неофициальный перенос)	5.3~rc16+dfsg-12	178,9 Кб	419,0 Кб	[список файлов]