Package: tree-ppuzzle (5.3~rc16+dfsg-12 and others)

[ Source: tree-puzzle  ]

Paralleliseret rekonstruktion af fylogenetiske træer gennem maksimal lighed

TREE-PUZZLE (det nye navn for PUZZLE) er et interaktivt konsolprogram, der implementerer en hurtig algoritme for træ-søgning, kvartets-gåder (»quartet-puzzling«), der tillader analyse af større datasæt og automatisk tildeling af estimater af understøttelse for hver enkelt interne gren. TREE-PUZZLE beregner også parvist sandsynligheden for maksimale distancer, og desuden længden på grene for træer angivet af bruger. Længde på grene kan også beregnes med antagelsen af et ur (»clock-assumption«). Yderligere tilbyder TREE-PUZZLE en ny metode, ligheds-kortlægning, til at undersøge understøttelsen af hypotese-baserede interne grene uden beregning af træet i sin helhed, samt visualisering af det fylogenetistiske indhold af sekvensjusteringer.

Dette er den paralleliserede version af tree-puzzle.

Tags: Field: Biology, Bioinformatics, Implemented in: implemented-in::c, interface::commandline, Role: Program, Scope: Utility, Purpose: use::analysing, use::comparing, Supports Format: Plain Text, Works with: Need an extra tag

Other Packages Related to tree-ppuzzle

• dep: libc6 (>= 2.34) [not alpha, ia64, sh4]

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.40) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libmpich12 [armel, armhf, hppa, i386, m68k, sh4]

  Shared libraries for MPICH

  dep: libmpich12 (>= 4.2.0) [x32]

• dep: libopenmpi3t64 (>= 4.1.6) [ia64]

  Bibliotek til beskedvideresendelse med høj ydelse - delt bibliotek

• dep: libopenmpi40 (>= 5.0.6) [not armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, sh4, x32]

  Bibliotek til beskedvideresendelse med høj ydelse - delt bibliotek

• dep: libsprng2

  SPRNG Scalable Parallel RNG library -- library package

• dep: mpi-default-bin [not ia64]

  MPI-kørselstidsprogrammer - metapakke

• dep: openmpi-bin [ia64]

  Bibliotek til beskedvideresendelse med høj ydelse - binære filer

• rec: tree-puzzle-doc

  Rekonstruktion af fylogenetiske træer gennem maksimal lighed - dok.

• sug: phylip

  Programpakke for udledning af fylogenier

• sug: treetool

  Package not available

Download tree-ppuzzle

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
alpha (unofficial port)	5.3~rc16+dfsg-12+b1	183.1 kB	557.0 kB	[list of files]
amd64	5.3~rc16+dfsg-12+b1	183.4 kB	441.0 kB	[list of files]
arm64	5.3~rc16+dfsg-12+b1	167.8 kB	429.0 kB	[list of files]
armel	5.3~rc16+dfsg-12	176.1 kB	451.0 kB	[list of files]
armhf	5.3~rc16+dfsg-12	167.1 kB	331.0 kB	[list of files]
hppa (unofficial port)	5.3~rc16+dfsg-12	173.1 kB	436.0 kB	[list of files]
i386	5.3~rc16+dfsg-12	196.1 kB	539.0 kB	[list of files]
ia64 (unofficial port)	5.3~rc16+dfsg-9+b1	233.7 kB	860.0 kB	[list of files]
m68k (unofficial port)	5.3~rc16+dfsg-12	164.9 kB	451.0 kB	[list of files]
mips64el	5.3~rc16+dfsg-12+b1	185.6 kB	575.0 kB	[list of files]
ppc64 (unofficial port)	5.3~rc16+dfsg-12+b1	196.3 kB	557.0 kB	[list of files]
ppc64el	5.3~rc16+dfsg-12+b1	193.8 kB	557.0 kB	[list of files]
riscv64	5.3~rc16+dfsg-12+b1	186.8 kB	385.0 kB	[list of files]
s390x	5.3~rc16+dfsg-12+b1	196.9 kB	492.0 kB	[list of files]
sh4 (unofficial port)	5.3~rc16+dfsg-12	198.7 kB	428.0 kB	[list of files]
sparc64 (unofficial port)	5.3~rc16+dfsg-12+b1	168.1 kB	1,071.0 kB	[list of files]
x32 (unofficial port)	5.3~rc16+dfsg-12	178.9 kB	419.0 kB	[list of files]