Paket: stacks (2.68+dfsg-2 och andra)

[ Källkod: stacks  ]

pipeline for building loci from short-read DNA sequences

Stacks is a software pipeline for building loci from short-read sequences, such as those generated on the Illumina platform. Stacks was developed to work with restriction enzyme-based data, such as RAD-seq, for the purpose of building genetic maps and conducting population genomics and phylogeography.

Note that this package installs Stacks such that all commands must be run as: $ stacks <cmdname> <args>

Andra paket besläktade med stacks

• dep: bsdextrautils

  extra utilities from 4.4BSD-Lite

• dep: libc6 (>= 2.38) [ej alpha, ia64, loong64, sh4]

  GNU C-bibliotek: Delade bibliotek
  också ett virtuellt paket som tillhandahålls av libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.40) [loong64, sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

  GNU C-bibliotek: Delade bibliotek
  också ett virtuellt paket som tillhandahålls av libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]

• dep: libdbi-perl

  Perl Database Interface (DBI)

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, i386, loong64, mips64el, s390x, x32]

  GCC stödbibliotek

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sh4, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4) [ppc64, ppc64el]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  GCC stödbibliotek

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  GCC stödbibliotek

• dep: libgomp1 (>= 6)

  GCC OpenMP (GOMP) support library

• dep: libhts3t64 (>= 1.17)

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [ia64, m68k]

  GNU standardbibliotek v3 för C++

  dep: libstdc++6 (>= 14) [ej ia64, m68k]

• dep: libunwind8 [ia64]

  library to determine the call-chain of a program - runtime

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: samtools

  processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.6)

  Kompressionsbibliotek - körtidspaket

• rec: libspreadsheet-writeexcel-perl

  module to create Excel spreadsheets

• rec: littler

  GNU R scripting and command-line front-end -- transition package
  också ett virtuellt paket som tillhandahålls av r-cran-littler

• sug: gdb

  GNU Debugger
  också ett virtuellt paket som tillhandahålls av gdb-minimal

Hämta stacks

Hämtningar för alla tillgängliga arkitekturer

Arkitektur	Version	Paketstorlek	Installerad storlek	Filer
alpha (inofficiell anpassning)	2.68+dfsg-2	1.112,6 kbyte	6.814,0 kbyte	[filförteckning]
amd64	2.68+dfsg-2	1.231,5 kbyte	6.161,0 kbyte	[filförteckning]
arm64	2.68+dfsg-2	1.057,3 kbyte	5.829,0 kbyte	[filförteckning]
armel	2.68+dfsg-2	1.024,3 kbyte	5.681,0 kbyte	[filförteckning]
armhf	2.68+dfsg-2	1.046,8 kbyte	4.081,0 kbyte	[filförteckning]
hppa (inofficiell anpassning)	2.68+dfsg-2	1.082,4 kbyte	5.478,0 kbyte	[filförteckning]
i386	2.68+dfsg-2	1.301,0 kbyte	6.437,0 kbyte	[filförteckning]
ia64 (inofficiell anpassning)	2.66+dfsg-1+b1	1.286,9 kbyte	11.193,0 kbyte	[filförteckning]
loong64 (inofficiell anpassning)	2.68+dfsg-2	1.085,4 kbyte	5.893,0 kbyte	[filförteckning]
m68k (inofficiell anpassning)	2.68+dfsg-2	1.104,3 kbyte	5.753,0 kbyte	[filförteckning]
mips64el	2.68+dfsg-2	1.123,1 kbyte	7.726,0 kbyte	[filförteckning]
ppc64 (inofficiell anpassning)	2.68+dfsg-2	1.151,5 kbyte	7.749,0 kbyte	[filförteckning]
ppc64el	2.68+dfsg-2	1.170,8 kbyte	7.109,0 kbyte	[filförteckning]
riscv64	2.68+dfsg-2	1.148,9 kbyte	4.409,0 kbyte	[filförteckning]
s390x	2.68+dfsg-2	1.157,7 kbyte	6.289,0 kbyte	[filförteckning]
sh4 (inofficiell anpassning)	2.68+dfsg-2	1.348,7 kbyte	5.689,0 kbyte	[filförteckning]
sparc64 (inofficiell anpassning)	2.68+dfsg-2	984,4 kbyte	12.602,0 kbyte	[filförteckning]
x32 (inofficiell anpassning)	2.68+dfsg-2	1.236,8 kbyte	5.813,0 kbyte	[filförteckning]