Paket: maq (0.7.1-10 och andra)

[ Källkod: maq  ]

maps short fixed-length polymorphic DNA sequence reads to reference sequences

Maq (short for Mapping and Assembly with Quality) builds mapping assemblies from short reads generated by the next-generation sequencing machines. It was particularly designed for Illumina-Solexa 1G Genetic Analyzer, and has a preliminary functionality to handle ABI SOLiD data. Maq is previously known as mapass2.

Developmemt of Maq stopped in 2008. Its successors are BWA and SAMtools.

Märken: Field: Biologi, Bioinformatics, Implemented in: implemented-in::c++, implemented-in::perl, User Interface: Command Line, Role: role::program, scope::utility, Purpose: Behöver ett märke till, Analysing, use::comparing, use::searching, Supports Format: Behöver ett märke till, works-with-format::plaintext, works-with::TODO

Andra paket besläktade med maq

• dep: libc6 (>= 2.38) [ej alpha, ia64, loong64, sh4]

  GNU C-bibliotek: Delade bibliotek
  också ett virtuellt paket som tillhandahålls av libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.39) [loong64, sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.31) [ia64]

  GNU C-bibliotek: Delade bibliotek
  också ett virtuellt paket som tillhandahålls av libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [sparc64]

  GCC stödbibliotek

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [arm64, i386, ia64, loong64, mips64el, ppc64, ppc64el, riscv64, sh4]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  GCC stödbibliotek

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  GCC stödbibliotek

• dep: libstdc++6 (>= 5)

  GNU standardbibliotek v3 för C++

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3)

  Kompressionsbibliotek - körtidspaket

• sug: bwa

  Burrows-Wheeler Aligner

• sug: samtools

  processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

Hämta maq

Hämtningar för alla tillgängliga arkitekturer

Arkitektur	Version	Paketstorlek	Installerad storlek	Filer
alpha (inofficiell anpassning)	0.7.1-10	297,2 kbyte	582,0 kbyte	[filförteckning]
amd64	0.7.1-10	295,1 kbyte	545,0 kbyte	[filförteckning]
arm64	0.7.1-10	287,3 kbyte	581,0 kbyte	[filförteckning]
armel	0.7.1-10	284,3 kbyte	524,0 kbyte	[filförteckning]
armhf	0.7.1-10	286,4 kbyte	472,0 kbyte	[filförteckning]
hppa (inofficiell anpassning)	0.7.1-10	304,9 kbyte	553,0 kbyte	[filförteckning]
i386	0.7.1-10	305,4 kbyte	581,0 kbyte	[filförteckning]
ia64 (inofficiell anpassning)	0.7.1-9	329,5 kbyte	752,0 kbyte	[filförteckning]
loong64 (inofficiell anpassning)	0.7.1-10	291,9 kbyte	533,0 kbyte	[filförteckning]
m68k (inofficiell anpassning)	0.7.1-10	295,5 kbyte	556,0 kbyte	[filförteckning]
mips64el	0.7.1-10	296,6 kbyte	588,0 kbyte	[filförteckning]
ppc64 (inofficiell anpassning)	0.7.1-10	300,7 kbyte	645,0 kbyte	[filförteckning]
ppc64el	0.7.1-10	303,5 kbyte	645,0 kbyte	[filförteckning]
riscv64	0.7.1-10	296,8 kbyte	493,0 kbyte	[filförteckning]
s390x	0.7.1-10	299,0 kbyte	557,0 kbyte	[filförteckning]
sh4 (inofficiell anpassning)	0.7.1-10	316,1 kbyte	581,0 kbyte	[filförteckning]
sparc64 (inofficiell anpassning)	0.7.1-10	290,1 kbyte	1.352,0 kbyte	[filförteckning]
x32 (inofficiell anpassning)	0.7.1-10	296,3 kbyte	545,0 kbyte	[filförteckning]