Paketti: maq (0.7.1-10 ja muut)

[ Source: maq  ]

maps short fixed-length polymorphic DNA sequence reads to reference sequences

Maq (short for Mapping and Assembly with Quality) builds mapping assemblies from short reads generated by the next-generation sequencing machines. It was particularly designed for Illumina-Solexa 1G Genetic Analyzer, and has a preliminary functionality to handle ABI SOLiD data. Maq is previously known as mapass2.

Developmemt of Maq stopped in 2008. Its successors are BWA and SAMtools.

Tagit: Field: Biology, Bioinformatics, Implemented in: implemented-in::c++, implemented-in::perl, User Interface: Command Line, Role: role::program, scope::utility, Purpose: Need an extra tag, Analysing, use::comparing, use::searching, Supports Format: Need an extra tag, works-with-format::plaintext, works-with::TODO

Muut pakettiin maq liittyvät paketit

• dep: libc6 (>= 2.38) [ei alpha, ia64, loong64, sh4]

  GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
  myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.39) [loong64, sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.31) [ia64]

  GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
  myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [sparc64]

  GCC:n apukirjasto

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [arm64, i386, ia64, loong64, mips64el, ppc64, ppc64el, riscv64, sh4]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  GCC:n apukirjasto

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  GCC:n apukirjasto

• dep: libstdc++6 (>= 5)

  GNU standardi C++ -kirjasto, versio 3

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3)

  pakkauskirjaston ajonaikaistiedostot

• sug: bwa

  Burrows-Wheeler Aligner

• sug: samtools

  processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

Imuroi maq

Imurointi kaikille saataville arkkitehtuureille

Arkkitehtuuri	Versio	Paketin koko	Koko asennettuna	Tiedostot
alpha (epävirallinen siirros)	0.7.1-10	297.2 kt	582.0 kt	[tiedostoluettelo]
amd64	0.7.1-10	295.1 kt	545.0 kt	[tiedostoluettelo]
arm64	0.7.1-10	287.3 kt	581.0 kt	[tiedostoluettelo]
armel	0.7.1-10	284.3 kt	524.0 kt	[tiedostoluettelo]
armhf	0.7.1-10	286.4 kt	472.0 kt	[tiedostoluettelo]
hppa (epävirallinen siirros)	0.7.1-10	304.9 kt	553.0 kt	[tiedostoluettelo]
i386	0.7.1-10	305.4 kt	581.0 kt	[tiedostoluettelo]
ia64 (epävirallinen siirros)	0.7.1-9	329.5 kt	752.0 kt	[tiedostoluettelo]
loong64 (epävirallinen siirros)	0.7.1-10	291.9 kt	533.0 kt	[tiedostoluettelo]
m68k (epävirallinen siirros)	0.7.1-10	295.5 kt	556.0 kt	[tiedostoluettelo]
mips64el	0.7.1-10	296.6 kt	588.0 kt	[tiedostoluettelo]
ppc64 (epävirallinen siirros)	0.7.1-10	300.7 kt	645.0 kt	[tiedostoluettelo]
ppc64el	0.7.1-10	303.5 kt	645.0 kt	[tiedostoluettelo]
riscv64	0.7.1-10	296.8 kt	493.0 kt	[tiedostoluettelo]
s390x	0.7.1-10	299.0 kt	557.0 kt	[tiedostoluettelo]
sh4 (epävirallinen siirros)	0.7.1-10	316.1 kt	581.0 kt	[tiedostoluettelo]
sparc64 (epävirallinen siirros)	0.7.1-10	290.1 kt	1,352.0 kt	[tiedostoluettelo]
x32 (epävirallinen siirros)	0.7.1-10	296.3 kt	545.0 kt	[tiedostoluettelo]