Paket: maq (0.7.1-9)

[ Källkod: maq  ]

maps short fixed-length polymorphic DNA sequence reads to reference sequences

Maq (short for Mapping and Assembly with Quality) builds mapping assemblies from short reads generated by the next-generation sequencing machines. It was particularly designed for Illumina-Solexa 1G Genetic Analyzer, and has a preliminary functionality to handle ABI SOLiD data. Maq is previously known as mapass2.

Developmemt of Maq stopped in 2008. Its successors are BWA and SAMtools.

Märken: Field: Biologi, Bioinformatics, Implemented in: implemented-in::c++, implemented-in::perl, User Interface: Command Line, Role: role::program, scope::utility, Purpose: Behöver ett märke till, Analysing, use::comparing, use::searching, Supports Format: Behöver ett märke till, works-with-format::plaintext, works-with::TODO

Andra paket besläktade med maq

• dep: libc6 (>= 2.29)

  GNU C-bibliotek: Delade bibliotek
  också ett virtuellt paket som tillhandahålls av libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  GCC stödbibliotek

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ej amd64, armel, armhf, s390x]

• dep: libstdc++6 (>= 5)

  GNU standardbibliotek v3 för C++

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3)

  Kompressionsbibliotek - körtidspaket

• sug: bwa

  Burrows-Wheeler Aligner

• sug: samtools

  processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

Hämta maq

Hämtningar för alla tillgängliga arkitekturer

Arkitektur	Paketstorlek	Installerad storlek	Filer
amd64	295,7 kbyte	543,0 kbyte	[filförteckning]
arm64	286,7 kbyte	519,0 kbyte	[filförteckning]
armel	285,5 kbyte	530,0 kbyte	[filförteckning]
armhf	286,9 kbyte	474,0 kbyte	[filförteckning]
i386	306,2 kbyte	575,0 kbyte	[filförteckning]
mips64el	296,9 kbyte	578,0 kbyte	[filförteckning]
mipsel	303,5 kbyte	577,0 kbyte	[filförteckning]
ppc64el	304,8 kbyte	647,0 kbyte	[filförteckning]
s390x	288,4 kbyte	547,0 kbyte	[filförteckning]