Пакет: maq (0.7.1-10 и други)

[ Източник: maq  ]

maps short fixed-length polymorphic DNA sequence reads to reference sequences

Maq (short for Mapping and Assembly with Quality) builds mapping assemblies from short reads generated by the next-generation sequencing machines. It was particularly designed for Illumina-Solexa 1G Genetic Analyzer, and has a preliminary functionality to handle ABI SOLiD data. Maq is previously known as mapass2.

Developmemt of Maq stopped in 2008. Its successors are BWA and SAMtools.

Етикети: Field: Biology, Bioinformatics, Implemented in: implemented-in::c++, implemented-in::perl, User Interface: Command Line, Role: role::program, scope::utility, Purpose: Need an extra tag, Analysing, use::comparing, use::searching, Supports Format: Need an extra tag, works-with-format::plaintext, works-with::TODO

Други пакети, свързани с maq

• dep: libc6 (>= 2.38) [не alpha, ia64, sh4]

  GNU C Library: Shared libraries
  също и виртуален пакет, предлаган от libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.39) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.31) [ia64]

  GNU C Library: Shared libraries
  също и виртуален пакет, предлаган от libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [sparc64]

  GCC support library

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [arm64, i386, ia64, mips64el, ppc64, ppc64el, riscv64, sh4]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  GCC support library

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  GCC support library

• dep: libstdc++6 (>= 5)

  GNU Standard C++ Library v3

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3)

  compression library - runtime

• sug: bwa

  Burrows-Wheeler Aligner

• sug: samtools

  processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

Изтегляне на maq

Изтегляне за всички налични архитектури

Архитектура	Версия	Големина на пакета	Големина след инсталиране	Файлове
alpha (неофициална архитектура)	0.7.1-10	297,2 кБ	582,0 кБ	[списък на файловете]
amd64	0.7.1-10	295,1 кБ	545,0 кБ	[списък на файловете]
arm64	0.7.1-10	287,3 кБ	581,0 кБ	[списък на файловете]
armel	0.7.1-10	284,3 кБ	524,0 кБ	[списък на файловете]
armhf	0.7.1-10	286,4 кБ	472,0 кБ	[списък на файловете]
hppa (неофициална архитектура)	0.7.1-10	304,9 кБ	553,0 кБ	[списък на файловете]
i386	0.7.1-10	305,4 кБ	581,0 кБ	[списък на файловете]
ia64 (неофициална архитектура)	0.7.1-9	329,5 кБ	752,0 кБ	[списък на файловете]
m68k (неофициална архитектура)	0.7.1-10	295,5 кБ	556,0 кБ	[списък на файловете]
mips64el	0.7.1-10	296,6 кБ	588,0 кБ	[списък на файловете]
ppc64 (неофициална архитектура)	0.7.1-10	300,7 кБ	645,0 кБ	[списък на файловете]
ppc64el	0.7.1-10	303,5 кБ	645,0 кБ	[списък на файловете]
riscv64	0.7.1-10	296,8 кБ	493,0 кБ	[списък на файловете]
s390x	0.7.1-10	299,0 кБ	557,0 кБ	[списък на файловете]
sh4 (неофициална архитектура)	0.7.1-10	316,1 кБ	581,0 кБ	[списък на файловете]
sparc64 (неофициална архитектура)	0.7.1-10	290,1 кБ	1 352,0 кБ	[списък на файловете]
x32 (неофициална архитектура)	0.7.1-10	296,3 кБ	545,0 кБ	[списък на файловете]