Пакет: maq (0.7.1-10 и другие)

[ Источник: maq  ]

maps short fixed-length polymorphic DNA sequence reads to reference sequences

Maq (short for Mapping and Assembly with Quality) builds mapping assemblies from short reads generated by the next-generation sequencing machines. It was particularly designed for Illumina-Solexa 1G Genetic Analyzer, and has a preliminary functionality to handle ABI SOLiD data. Maq is previously known as mapass2.

Developmemt of Maq stopped in 2008. Its successors are BWA and SAMtools.

Теги: Область: Биология, Биоинформатика, Реализовано на: implemented-in::c++, implemented-in::perl, Пользовательский интерфейс: Командная строка, Роль: role::program, scope::utility, Цель: Требуется дополнительный тег, Анализ, use::comparing, use::searching, Поддерживаемые форматы: Требуется дополнительный тег, works-with-format::plaintext, works-with::TODO

Другие пакеты, относящиеся к maq

• dep: libc6 (>= 2.38) [не alpha, ia64, sh4]

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.39) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.31) [ia64]

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [sparc64]

  GCC support library

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [arm64, i386, ia64, mips64el, ppc64, ppc64el, riscv64, sh4]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  вспомогательная библиотека GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  вспомогательная библиотека GCC

• dep: libstdc++6 (>= 5)

  стандартная библиотека GNU C++ версии 3

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3)

  библиотека сжатия

• sug: bwa

  Burrows-Wheeler Aligner

• sug: samtools

  processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

Загрузка maq

Загрузить для всех доступных архитектур

Архитектура	Версия	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
alpha (неофициальный перенос)	0.7.1-10	297,2 Кб	582,0 Кб	[список файлов]
amd64	0.7.1-10	295,1 Кб	545,0 Кб	[список файлов]
arm64	0.7.1-10	287,3 Кб	581,0 Кб	[список файлов]
armel	0.7.1-10	284,3 Кб	524,0 Кб	[список файлов]
armhf	0.7.1-10	286,4 Кб	472,0 Кб	[список файлов]
hppa (неофициальный перенос)	0.7.1-10	304,9 Кб	553,0 Кб	[список файлов]
i386	0.7.1-10	305,4 Кб	581,0 Кб	[список файлов]
ia64 (неофициальный перенос)	0.7.1-9	329,5 Кб	752,0 Кб	[список файлов]
m68k (неофициальный перенос)	0.7.1-10	295,5 Кб	556,0 Кб	[список файлов]
mips64el	0.7.1-10	296,6 Кб	588,0 Кб	[список файлов]
ppc64 (неофициальный перенос)	0.7.1-10	300,7 Кб	645,0 Кб	[список файлов]
ppc64el	0.7.1-10	303,5 Кб	645,0 Кб	[список файлов]
riscv64	0.7.1-10	296,8 Кб	493,0 Кб	[список файлов]
s390x	0.7.1-10	299,0 Кб	557,0 Кб	[список файлов]
sh4 (неофициальный перенос)	0.7.1-10	316,1 Кб	581,0 Кб	[список файлов]
sparc64 (неофициальный перенос)	0.7.1-10	290,1 Кб	1 352,0 Кб	[список файлов]
x32 (неофициальный перенос)	0.7.1-10	296,3 Кб	545,0 Кб	[список файлов]