Balík: mafft (7.505-1 a iné)

[ Zdroj: mafft  ]

Multiple alignment program for amino acid or nucleotide sequences

MAFFT is a multiple sequence alignment program which offers three accuracy-oriented methods:

 * L-INS-i (probably most accurate; recommended for <200 sequences;
   iterative refinement method incorporating local pairwise alignment
   information),
 * G-INS-i (suitable for sequences of similar lengths; recommended for
   <200 sequences; iterative refinement method incorporating global
   pairwise alignment information),
 * E-INS-i (suitable for sequences containing large unalignable regions;
   recommended for <200 sequences),

and five speed-oriented methods:

 * FFT-NS-i (iterative refinement method; two cycles only),
 * FFT-NS-i (iterative refinement method; max. 1000 iterations),
 * FFT-NS-2 (fast; progressive method),
 * FFT-NS-1 (very fast; recommended for >2000 sequences; progressive
   method with a rough guide tree),
 * NW-NS-PartTree-1 (recommended for ∼50,000 sequences; progressive
   method with the PartTree algorithm).

Značky: Biológia: Clustal/ALN, Proteins, Pole: field::biology, field::biology:bioinformatics, Implementované v: implemented-in::c, interface::commandline, Role: Program, Scope: Utility, Purpose: use::comparing, works-with-format::plaintext, Works with: Biologické sekvencie

Ostatné balíky súvisiace s balíkom mafft

• dep: libc6 (>= 2.29) [nie alpha, arm64, ia64, riscv64, sh4]

  knižnica GNU C - zdieľané knižnice
  tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.33) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.34) [arm64, riscv64]

• dep: libc6.1 (>= 2.29) [alpha]

  knižnica GNU C - zdieľané knižnice
  tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.33) [ia64]

• dep: perl

  Practical Extraction and Report Language od Larryho Walla

• rec: blast2

  Balík nie je dostupný

• rec: libwww-perl

  jednoduché a konzistentné rozhranie k www

• rec: lynx

  klasický webový prehliadač v textovom režime (nie grafický)

• rec: ruby

  Interpreter of object-oriented scripting language Ruby (default version)

• enh: t-coffee

  Multiple Sequence Alignment

Stiahnuť mafft

Stiahnuť pre všetky dostupné architektúry

Architektúra	Verzia	Veľkosť balíka	Nainštalovaná veľkosť	Súbory
alpha (neoficiálny port)	7.505-1	1,032.8 kB	15,184.0 kB	[zoznam súborov]
amd64	7.505-1	1,052.5 kB	11,920.0 kB	[zoznam súborov]
arm64	7.505-1+b1	937.9 kB	12,408.0 kB	[zoznam súborov]
armel	7.505-1	916.0 kB	12,403.0 kB	[zoznam súborov]
armhf	7.505-1	765.3 kB	9,139.0 kB	[zoznam súborov]
hppa (neoficiálny port)	7.505-1	890.5 kB	11,092.0 kB	[zoznam súborov]
i386	7.505-1	983.3 kB	13,119.0 kB	[zoznam súborov]
ia64 (neoficiálny port)	7.505-1	1,103.2 kB	24,053.0 kB	[zoznam súborov]
m68k (neoficiálny port)	7.505-1	968.3 kB	10,923.0 kB	[zoznam súborov]
mips64el	7.505-1	873.9 kB	14,427.0 kB	[zoznam súborov]
ppc64 (neoficiálny port)	7.505-1	1,036.3 kB	16,784.0 kB	[zoznam súborov]
ppc64el	7.505-1	1,019.2 kB	16,336.0 kB	[zoznam súborov]
riscv64	7.505-1+b1	1,085.5 kB	9,760.0 kB	[zoznam súborov]
s390x	7.505-1	891.0 kB	13,010.0 kB	[zoznam súborov]
sh4 (neoficiálny port)	7.505-1	879.0 kB	11,959.0 kB	[zoznam súborov]
sparc64 (neoficiálny port)	7.505-1	1,056.5 kB	33,604.0 kB	[zoznam súborov]
x32 (neoficiálny port)	7.505-1	1,041.3 kB	11,379.0 kB	[zoznam súborov]