Пакет: stacks (2.68+dfsg-2 и другие)

[ Источник: stacks  ]

pipeline for building loci from short-read DNA sequences

Stacks is a software pipeline for building loci from short-read sequences, such as those generated on the Illumina platform. Stacks was developed to work with restriction enzyme-based data, such as RAD-seq, for the purpose of building genetic maps and conducting population genomics and phylogeography.

Note that this package installs Stacks such that all commands must be run as: $ stacks <cmdname> <args>

Другие пакеты, относящиеся к stacks

• dep: bsdextrautils

  дополнительные инструменты из 4.4BSD-Lite

• dep: libc6 (>= 2.38) [не alpha, ia64, loong64, sh4]

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.40) [loong64, sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]

• dep: libdbi-perl

  Perl-интерфейс к базам данных (DBI)

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, i386, loong64, mips64el, s390x, x32]

  вспомогательная библиотека GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sh4, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4) [ppc64, ppc64el]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  вспомогательная библиотека GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  вспомогательная библиотека GCC

• dep: libgomp1 (>= 6)

  вспомогательная библиотека GCC OpenMP (GOMP)

• dep: libhts3t64 (>= 1.17)

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [ia64, m68k]

  стандартная библиотека GNU C++ версии 3

  dep: libstdc++6 (>= 14) [не ia64, m68k]

• dep: libunwind8 [ia64]

  библиотека для выявления цепочки вызовов функций в программе

• dep: python3

  интерактивный высокоуровневый объектно-ориентированный язык (версия python3 по умолчанию)

• dep: samtools

  processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.6)

  библиотека сжатия

• rec: libspreadsheet-writeexcel-perl

  module to create Excel spreadsheets

• rec: littler

  GNU R scripting and command-line front-end -- transition package
  также виртуальный пакет, предоставляемый r-cran-littler

• sug: gdb

  GNU Debugger
  также виртуальный пакет, предоставляемый gdb-minimal

Загрузка stacks

Загрузить для всех доступных архитектур

Архитектура	Версия	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
alpha (неофициальный перенос)	2.68+dfsg-2	1 112,6 Кб	6 814,0 Кб	[список файлов]
amd64	2.68+dfsg-2	1 231,5 Кб	6 161,0 Кб	[список файлов]
arm64	2.68+dfsg-2	1 057,3 Кб	5 829,0 Кб	[список файлов]
armel	2.68+dfsg-2	1 024,3 Кб	5 681,0 Кб	[список файлов]
armhf	2.68+dfsg-2	1 046,8 Кб	4 081,0 Кб	[список файлов]
hppa (неофициальный перенос)	2.68+dfsg-2	1 082,4 Кб	5 478,0 Кб	[список файлов]
i386	2.68+dfsg-2	1 301,0 Кб	6 437,0 Кб	[список файлов]
ia64 (неофициальный перенос)	2.66+dfsg-1+b1	1 286,9 Кб	11 193,0 Кб	[список файлов]
loong64 (неофициальный перенос)	2.68+dfsg-2	1 085,4 Кб	5 893,0 Кб	[список файлов]
m68k (неофициальный перенос)	2.68+dfsg-2	1 104,3 Кб	5 753,0 Кб	[список файлов]
mips64el	2.68+dfsg-2	1 123,1 Кб	7 726,0 Кб	[список файлов]
ppc64 (неофициальный перенос)	2.68+dfsg-2	1 151,5 Кб	7 749,0 Кб	[список файлов]
ppc64el	2.68+dfsg-2	1 170,8 Кб	7 109,0 Кб	[список файлов]
riscv64	2.68+dfsg-2	1 148,9 Кб	4 409,0 Кб	[список файлов]
s390x	2.68+dfsg-2	1 157,7 Кб	6 289,0 Кб	[список файлов]
sh4 (неофициальный перенос)	2.68+dfsg-2	1 348,7 Кб	5 689,0 Кб	[список файлов]
sparc64 (неофициальный перенос)	2.68+dfsg-2	984,4 Кб	12 602,0 Кб	[список файлов]
x32 (неофициальный перенос)	2.68+dfsg-2	1 236,8 Кб	5 813,0 Кб	[список файлов]