Пакет: tree-ppuzzle (5.3~rc16+dfsg-9)

[ Источник: tree-puzzle  ]

Parallelized reconstruction of phylogenetic trees by maximum likelihood

TREE-PUZZLE (the new name for PUZZLE) is an interactive console program that implements a fast tree search algorithm, quartet puzzling, that allows analysis of large data sets and automatically assigns estimations of support to each internal branch. TREE-PUZZLE also computes pairwise maximum likelihood distances as well as branch lengths for user specified trees. Branch lengths can also be calculated under the clock-assumption. In addition, TREE-PUZZLE offers a novel method, likelihood mapping, to investigate the support of a hypothesized internal branch without computing an overall tree and to visualize the phylogenetic content of a sequence alignment.

This is the parallelized version of tree-puzzle.

Теги: Область: Биология, Биоинформатика, Реализовано на: implemented-in::c, interface::commandline, Роль: Программа, Область: Утилита, Цель: use::analysing, use::comparing, Поддерживаемые форматы: Простой текст, Работает с: Требуется дополнительный тег

Другие пакеты, относящиеся к tree-ppuzzle

• dep: libc6 (>= 2.29)

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

• dep: libopenmpi3 (>= 4.1.2)

  high performance message passing library -- shared library

• dep: libsprng2

  SPRNG Scalable Parallel RNG library -- library package

• dep: openmpi-bin

  high performance message passing library -- binaries

• rec: tree-puzzle-doc

  Reconstruction of phylogenetic trees by maximum likelihood (doc)

• sug: phylip

  package of programs for inferring phylogenies

• sug: treetool

  Пакет недоступен

Загрузка tree-ppuzzle

Загрузить для всех доступных архитектур

Архитектура	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
amd64	183,0 Кб	437,0 Кб	[список файлов]
arm64	170,2 Кб	416,0 Кб	[список файлов]
armel	173,9 Кб	444,0 Кб	[список файлов]
armhf	165,2 Кб	324,0 Кб	[список файлов]
i386	194,1 Кб	532,0 Кб	[список файлов]
mips64el	182,0 Кб	515,0 Кб	[список файлов]
mipsel	181,9 Кб	491,0 Кб	[список файлов]
ppc64el	192,5 Кб	557,0 Кб	[список файлов]
s390x	169,1 Кб	452,0 Кб	[список файлов]