Пакет: minimap2 (2.27+dfsg-1 и другие)

Ссылки для minimap2

Ресурсы Debian:

Исходный код minimap2:

Сопровождающие:

Внешние ресурсы:

Сайт [github.com]

Подобные пакеты:

versatile pairwise aligner for genomic and spliced nucleotide sequences

Minimap2 is a versatile sequence alignment program that aligns DNA or mRNA sequences against a large reference database. Typical use cases include: (1) mapping PacBio or Oxford Nanopore genomic reads to the human genome; (2) finding overlaps between long reads with error rate up to ~15%; (3) splice-aware alignment of PacBio Iso-Seq or Nanopore cDNA or Direct RNA reads against a reference genome; (4) aligning Illumina single- or paired-end reads; (5) assembly-to-assembly alignment; (6) full- genome alignment between two closely related species with divergence below ~15%.

For ~10kb noisy reads sequences, minimap2 is tens of times faster than mainstream long-read mappers such as BLASR, BWA-MEM, NGMLR and GMAP. It is more accurate on simulated long reads and produces biologically meaningful alignment ready for downstream analyses. For >100bp Illumina short reads, minimap2 is three times as fast as BWA-MEM and Bowtie2, and as accurate on simulated data. Detailed evaluations are available from the minimap2 paper or the preprint.

Другие пакеты, относящиеся к minimap2

зависимости

рекомендации

предложения

enhances

dep: libc6 (>= 2.34) [не alpha, ia64, loong64, sh4]

библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.40) [sh4]

dep: libc6 (>= 2.41) [loong64]
dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
также виртуальный пакет, предоставляемый libc6.1-udeb

dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]
dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [не armel, armhf, hppa, m68k, sh4]

библиотека сжатия

dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3) [armel, armhf, hppa, m68k, sh4]

Загрузка minimap2

Загрузить для всех доступных архитектур
Архитектура	Версия	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
alpha (неофициальный перенос)	2.27+dfsg-1+b2	405,0 Кб	577,0 Кб	[список файлов]
amd64	2.27+dfsg-1+b3	381,5 Кб	516,0 Кб	[список файлов]
arm64	2.27+dfsg-1+b4	371,7 Кб	512,0 Кб	[список файлов]
armel	2.27+dfsg-1+b3	389,0 Кб	575,0 Кб	[список файлов]
armhf	2.27+dfsg-1+b3	389,5 Кб	511,0 Кб	[список файлов]
hppa (неофициальный перенос)	2.27+dfsg-1+b3	407,5 Кб	569,0 Кб	[список файлов]
i386	2.27+dfsg-1+b3	388,0 Кб	539,0 Кб	[список файлов]
ia64 (неофициальный перенос)	2.24+dfsg-3+b1	441,2 Кб	755,0 Кб	[список файлов]
loong64 (неофициальный перенос)	2.27+dfsg-1+b3	376,0 Кб	512,0 Кб	[список файлов]
m68k (неофициальный перенос)	2.27+dfsg-1+b2	384,8 Кб	556,0 Кб	[список файлов]
mips64el	2.27+dfsg-1+b3	403,7 Кб	584,0 Кб	[список файлов]
ppc64 (неофициальный перенос)	2.27+dfsg-1+b3	408,4 Кб	640,0 Кб	[список файлов]
ppc64el	2.27+dfsg-1+b3	391,9 Кб	576,0 Кб	[список файлов]
riscv64	2.27+dfsg-1+b3	405,6 Кб	512,0 Кб	[список файлов]
s390x	2.27+dfsg-1+b3	411,5 Кб	592,0 Кб	[список файлов]
sh4 (неофициальный перенос)	2.27+dfsg-1+b2	422,7 Кб	572,0 Кб	[список файлов]
sparc64 (неофициальный перенос)	2.27+dfsg-1+b3	392,0 Кб	1 346,0 Кб	[список файлов]
x32 (неофициальный перенос)	2.27+dfsg-1+b1	380,2 Кб	511,0 Кб	[список файлов]