Paketti: minimap2 (2.27+dfsg-1 ja muut)

[ Source: minimap2  ]

versatile pairwise aligner for genomic and spliced nucleotide sequences

Minimap2 is a versatile sequence alignment program that aligns DNA or mRNA sequences against a large reference database. Typical use cases include: (1) mapping PacBio or Oxford Nanopore genomic reads to the human genome; (2) finding overlaps between long reads with error rate up to ~15%; (3) splice-aware alignment of PacBio Iso-Seq or Nanopore cDNA or Direct RNA reads against a reference genome; (4) aligning Illumina single- or paired-end reads; (5) assembly-to-assembly alignment; (6) full- genome alignment between two closely related species with divergence below ~15%.

For ~10kb noisy reads sequences, minimap2 is tens of times faster than mainstream long-read mappers such as BLASR, BWA-MEM, NGMLR and GMAP. It is more accurate on simulated long reads and produces biologically meaningful alignment ready for downstream analyses. For >100bp Illumina short reads, minimap2 is three times as fast as BWA-MEM and Bowtie2, and as accurate on simulated data. Detailed evaluations are available from the minimap2 paper or the preprint.

Muut pakettiin minimap2 liittyvät paketit

• dep: libc6 (>= 2.34) [ei alpha, ia64, loong64, sh4]

  GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
  myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.40) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.41) [loong64]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
  myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [ei armel, armhf, hppa, m68k, sh4]

  pakkauskirjaston ajonaikaistiedostot

  dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3) [armel, armhf, hppa, m68k, sh4]

Imuroi minimap2

Imurointi kaikille saataville arkkitehtuureille

Arkkitehtuuri	Versio	Paketin koko	Koko asennettuna	Tiedostot
alpha (epävirallinen siirros)	2.27+dfsg-1+b2	405.0 kt	577.0 kt	[tiedostoluettelo]
amd64	2.27+dfsg-1+b3	381.5 kt	516.0 kt	[tiedostoluettelo]
arm64	2.27+dfsg-1+b4	371.7 kt	512.0 kt	[tiedostoluettelo]
armel	2.27+dfsg-1+b3	389.0 kt	575.0 kt	[tiedostoluettelo]
armhf	2.27+dfsg-1+b3	389.5 kt	511.0 kt	[tiedostoluettelo]
hppa (epävirallinen siirros)	2.27+dfsg-1+b3	407.5 kt	569.0 kt	[tiedostoluettelo]
i386	2.27+dfsg-1+b3	388.0 kt	539.0 kt	[tiedostoluettelo]
ia64 (epävirallinen siirros)	2.24+dfsg-3+b1	441.2 kt	755.0 kt	[tiedostoluettelo]
loong64 (epävirallinen siirros)	2.27+dfsg-1+b3	376.0 kt	512.0 kt	[tiedostoluettelo]
m68k (epävirallinen siirros)	2.27+dfsg-1+b2	384.8 kt	556.0 kt	[tiedostoluettelo]
mips64el	2.27+dfsg-1+b3	403.7 kt	584.0 kt	[tiedostoluettelo]
ppc64 (epävirallinen siirros)	2.27+dfsg-1+b3	408.4 kt	640.0 kt	[tiedostoluettelo]
ppc64el	2.27+dfsg-1+b3	391.9 kt	576.0 kt	[tiedostoluettelo]
riscv64	2.27+dfsg-1+b3	405.6 kt	512.0 kt	[tiedostoluettelo]
s390x	2.27+dfsg-1+b3	411.5 kt	592.0 kt	[tiedostoluettelo]
sh4 (epävirallinen siirros)	2.27+dfsg-1+b2	422.7 kt	572.0 kt	[tiedostoluettelo]
sparc64 (epävirallinen siirros)	2.27+dfsg-1+b3	392.0 kt	1,346.0 kt	[tiedostoluettelo]
x32 (epävirallinen siirros)	2.27+dfsg-1+b1	380.2 kt	511.0 kt	[tiedostoluettelo]