Paquet : minimap2 (2.27+dfsg-1 et autres)

[ Paquet source : minimap2  ]

versatile pairwise aligner for genomic and spliced nucleotide sequences

Minimap2 is a versatile sequence alignment program that aligns DNA or mRNA sequences against a large reference database. Typical use cases include: (1) mapping PacBio or Oxford Nanopore genomic reads to the human genome; (2) finding overlaps between long reads with error rate up to ~15%; (3) splice-aware alignment of PacBio Iso-Seq or Nanopore cDNA or Direct RNA reads against a reference genome; (4) aligning Illumina single- or paired-end reads; (5) assembly-to-assembly alignment; (6) full- genome alignment between two closely related species with divergence below ~15%.

For ~10kb noisy reads sequences, minimap2 is tens of times faster than mainstream long-read mappers such as BLASR, BWA-MEM, NGMLR and GMAP. It is more accurate on simulated long reads and produces biologically meaningful alignment ready for downstream analyses. For >100bp Illumina short reads, minimap2 is three times as fast as BWA-MEM and Bowtie2, and as accurate on simulated data. Detailed evaluations are available from the minimap2 paper or the preprint.

Autres paquets associés à minimap2

• dep: libc6 (>= 2.34) [non alpha, ia64, loong64, sh4]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.40) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.41) [loong64]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [non armel, armhf, hppa, m68k, sh4]

  Bibliothèque de compression - binaires

  dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3) [armel, armhf, hppa, m68k, sh4]

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Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
alpha (portage non officiel)	2.27+dfsg-1+b2	405,0 ko	577,0 ko	[liste des fichiers]
amd64	2.27+dfsg-1+b3	381,5 ko	516,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	2.27+dfsg-1+b4	371,7 ko	512,0 ko	[liste des fichiers]
armel	2.27+dfsg-1+b3	389,0 ko	575,0 ko	[liste des fichiers]
armhf	2.27+dfsg-1+b3	389,5 ko	511,0 ko	[liste des fichiers]
hppa (portage non officiel)	2.27+dfsg-1+b3	407,5 ko	569,0 ko	[liste des fichiers]
i386	2.27+dfsg-1+b3	388,0 ko	539,0 ko	[liste des fichiers]
ia64 (portage non officiel)	2.24+dfsg-3+b1	441,2 ko	755,0 ko	[liste des fichiers]
loong64 (portage non officiel)	2.27+dfsg-1+b3	376,0 ko	512,0 ko	[liste des fichiers]
m68k (portage non officiel)	2.27+dfsg-1+b2	384,8 ko	556,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	2.27+dfsg-1+b3	403,7 ko	584,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64 (portage non officiel)	2.27+dfsg-1+b3	408,4 ko	640,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	2.27+dfsg-1+b3	391,9 ko	576,0 ko	[liste des fichiers]
riscv64	2.27+dfsg-1+b3	405,6 ko	512,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	2.27+dfsg-1+b3	411,5 ko	592,0 ko	[liste des fichiers]
sh4 (portage non officiel)	2.27+dfsg-1+b2	422,7 ko	572,0 ko	[liste des fichiers]
sparc64 (portage non officiel)	2.27+dfsg-1+b3	392,0 ko	1 346,0 ko	[liste des fichiers]
x32 (portage non officiel)	2.27+dfsg-1+b1	380,2 ko	511,0 ko	[liste des fichiers]