Пакет: minimap2 (2.24+dfsg-3 и другие)

[ Источник: minimap2  ]

versatile pairwise aligner for genomic and spliced nucleotide sequences

Minimap2 is a versatile sequence alignment program that aligns DNA or mRNA sequences against a large reference database. Typical use cases include: (1) mapping PacBio or Oxford Nanopore genomic reads to the human genome; (2) finding overlaps between long reads with error rate up to ~15%; (3) splice-aware alignment of PacBio Iso-Seq or Nanopore cDNA or Direct RNA reads against a reference genome; (4) aligning Illumina single- or paired-end reads; (5) assembly-to-assembly alignment; (6) full- genome alignment between two closely related species with divergence below ~15%.

For ~10kb noisy reads sequences, minimap2 is tens of times faster than mainstream long-read mappers such as BLASR, BWA-MEM, NGMLR and GMAP. It is more accurate on simulated long reads and produces biologically meaningful alignment ready for downstream analyses. For >100bp Illumina short reads, minimap2 is three times as fast as BWA-MEM and Bowtie2, and as accurate on simulated data. Detailed evaluations are available from the minimap2 paper or the preprint.

Другие пакеты, относящиеся к minimap2

• dep: libc6 (>= 2.34)

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  библиотека сжатия

Загрузка minimap2

Загрузить для всех доступных архитектур

Архитектура	Версия	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
amd64	2.24+dfsg-3+b1	377,2 Кб	498,0 Кб	[список файлов]
arm64	2.24+dfsg-3+b1	369,0 Кб	510,0 Кб	[список файлов]
armel	2.24+dfsg-3+b1	386,7 Кб	545,0 Кб	[список файлов]
armhf	2.24+dfsg-3+b1	388,1 Кб	477,0 Кб	[список файлов]
i386	2.24+dfsg-3+b1	384,2 Кб	525,0 Кб	[список файлов]
mips64el	2.24+dfsg-3+b1	402,3 Кб	582,0 Кб	[список файлов]
mipsel	2.24+dfsg-3+b1	412,6 Кб	645,0 Кб	[список файлов]
ppc64el	2.24+dfsg-3+b1	389,0 Кб	574,0 Кб	[список файлов]
s390x	2.24+dfsg-3+b1	389,4 Кб	567,0 Кб	[список файлов]