Paket: minimap2 (2.27+dfsg-1 ve diğerleri)

minimap2 için bağlantılar

Debian Kaynakları:

minimap2 Kaynak Paketini İndir:

Geliştiriciler:

Dış Kaynaklar:

Ana Sayfa [github.com]

Benzer paketler:

versatile pairwise aligner for genomic and spliced nucleotide sequences

Minimap2 is a versatile sequence alignment program that aligns DNA or mRNA sequences against a large reference database. Typical use cases include: (1) mapping PacBio or Oxford Nanopore genomic reads to the human genome; (2) finding overlaps between long reads with error rate up to ~15%; (3) splice-aware alignment of PacBio Iso-Seq or Nanopore cDNA or Direct RNA reads against a reference genome; (4) aligning Illumina single- or paired-end reads; (5) assembly-to-assembly alignment; (6) full- genome alignment between two closely related species with divergence below ~15%.

For ~10kb noisy reads sequences, minimap2 is tens of times faster than mainstream long-read mappers such as BLASR, BWA-MEM, NGMLR and GMAP. It is more accurate on simulated long reads and produces biologically meaningful alignment ready for downstream analyses. For >100bp Illumina short reads, minimap2 is three times as fast as BWA-MEM and Bowtie2, and as accurate on simulated data. Detailed evaluations are available from the minimap2 paper or the preprint.

minimap2 ile İlgili Diğer Paketler

bağımlılıklar

tavsiye edilen

önerilen

enhances

dep: libc6 (>= 2.34) [alpha, ia64, loong64, sh4 değil]

GNU C Library: Shared libraries
ayrıca şunun tarafından sağlanan bir sanal paket libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.40) [sh4]

dep: libc6 (>= 2.41) [loong64]
dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

GNU C Library: Shared libraries
ayrıca şunun tarafından sağlanan bir sanal paket libc6.1-udeb

dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]
dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [armel, armhf, hppa, m68k, sh4 değil]

compression library - runtime

dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3) [armel, armhf, hppa, m68k, sh4]

minimap2 indir

Tüm mevcut mimariler için indir
Mimari	Sürüm	Paket Boyutu	Kurulu Boyut	Dosyalar
alpha (resmi olmayan port)	2.27+dfsg-1+b2	405,0 kB	577,0 kB	[dosya listesi]
amd64	2.27+dfsg-1+b3	381,5 kB	516,0 kB	[dosya listesi]
arm64	2.27+dfsg-1+b4	371,7 kB	512,0 kB	[dosya listesi]
armel	2.27+dfsg-1+b3	389,0 kB	575,0 kB	[dosya listesi]
armhf	2.27+dfsg-1+b3	389,5 kB	511,0 kB	[dosya listesi]
hppa (resmi olmayan port)	2.27+dfsg-1+b3	407,5 kB	569,0 kB	[dosya listesi]
i386	2.27+dfsg-1+b3	388,0 kB	539,0 kB	[dosya listesi]
ia64 (resmi olmayan port)	2.24+dfsg-3+b1	441,2 kB	755,0 kB	[dosya listesi]
loong64 (resmi olmayan port)	2.27+dfsg-1+b3	376,0 kB	512,0 kB	[dosya listesi]
m68k (resmi olmayan port)	2.27+dfsg-1+b2	384,8 kB	556,0 kB	[dosya listesi]
mips64el	2.27+dfsg-1+b3	403,7 kB	584,0 kB	[dosya listesi]
ppc64 (resmi olmayan port)	2.27+dfsg-1+b3	408,4 kB	640,0 kB	[dosya listesi]
ppc64el	2.27+dfsg-1+b3	391,9 kB	576,0 kB	[dosya listesi]
riscv64	2.27+dfsg-1+b3	405,6 kB	512,0 kB	[dosya listesi]
s390x	2.27+dfsg-1+b3	411,5 kB	592,0 kB	[dosya listesi]
sh4 (resmi olmayan port)	2.27+dfsg-1+b2	422,7 kB	572,0 kB	[dosya listesi]
sparc64 (resmi olmayan port)	2.27+dfsg-1+b3	392,0 kB	1.346,0 kB	[dosya listesi]
x32 (resmi olmayan port)	2.27+dfsg-1+b1	380,2 kB	511,0 kB	[dosya listesi]