Package: minimap2 (2.27+dfsg-1 and others)

[ Source: minimap2  ]

allineatore a coppie versatile per sequenze genomiche e nucleotidiche con splice

Minimap2 è un versatile programma per l'allineamento di sequenze che allinea sequenze di DNA o mRNA rispetto a un grande database di riferimento. Casi d'uso tipici includono: (1) mappatura di letture genomiche PacBio o Oxford Nanopore con il genoma umano; (2) ricerca di sovrapposizioni tra letture lunghe con tassi di errore fino a ~15%; (3) allineamento, tenendo conto degli splice, di letture PacBio Iso-Seq o Nanopore cDNA o Direct RNA rispetto a un genoma di riferimento; (4) allineamento di letture Illumina singole o accoppiate; (5) allineamento assemblaggio-verso-assemblaggio; (6) allineamento dell'intero genoma tra due specie strettamente imparentate con divergenza sotto a ~15%.

Per sequenze di letture di circa 10kb con rumore, minimap2 è decine di volte più veloce dei mappatori di letture lunghe più comuni, come BLASR, BWA-MEM, NGMLR e GMAP. È più accurato su letture lunghe simulate e produce allineamenti biologicamente significativi pronti per le analisi successive. Per letture corte Illumina >100bp, minimap2 è tre volte più veloce di BWA-MEM e Bowtie2, e altrettanto accurato su dati simulati. Valutazioni dettagliate sono disponibili nell'articolo o il preprint su minimap2.

Other Packages Related to minimap2

• dep: libc6 (>= 2.34) [not alpha, ia64, sh4]

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.40) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [not armel, armhf, hppa, m68k, sh4]

  libreria di compressione - runtime

  dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3) [armel, armhf, hppa, m68k, sh4]

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Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
alpha (unofficial port)	2.27+dfsg-1+b1	405.1 kB	577.0 kB	[list of files]
amd64	2.27+dfsg-1+b2	381.5 kB	516.0 kB	[list of files]
arm64	2.27+dfsg-1+b3	371.8 kB	512.0 kB	[list of files]
armel	2.27+dfsg-1+b2	388.9 kB	551.0 kB	[list of files]
armhf	2.27+dfsg-1+b2	389.4 kB	479.0 kB	[list of files]
hppa (unofficial port)	2.27+dfsg-1+b2	407.3 kB	569.0 kB	[list of files]
i386	2.27+dfsg-1+b2	388.0 kB	539.0 kB	[list of files]
ia64 (unofficial port)	2.24+dfsg-3+b1	441.2 kB	755.0 kB	[list of files]
m68k (unofficial port)	2.27+dfsg-1+b2	384.8 kB	556.0 kB	[list of files]
mips64el	2.27+dfsg-1+b2	402.7 kB	584.0 kB	[list of files]
ppc64 (unofficial port)	2.27+dfsg-1+b2	408.5 kB	640.0 kB	[list of files]
ppc64el	2.27+dfsg-1+b2	392.0 kB	576.0 kB	[list of files]
riscv64	2.27+dfsg-1+b2	405.7 kB	512.0 kB	[list of files]
s390x	2.27+dfsg-1+b2	411.4 kB	592.0 kB	[list of files]
sh4 (unofficial port)	2.27+dfsg-1+b1	422.6 kB	572.0 kB	[list of files]
sparc64 (unofficial port)	2.27+dfsg-1+b2	392.0 kB	1,346.0 kB	[list of files]
x32 (unofficial port)	2.27+dfsg-1+b1	380.2 kB	511.0 kB	[list of files]