Pakiet: minimap2 (2.27+dfsg-1 i inne)

Odnośniki dla minimap2

Zasoby systemu Debian:

Pobieranie pakietu źródłowego minimap2:

Opiekunowie:

Zasoby zewnętrzne:

Strona internetowa [github.com]

Podobne pakiety:

versatile pairwise aligner for genomic and spliced nucleotide sequences

Minimap2 is a versatile sequence alignment program that aligns DNA or mRNA sequences against a large reference database. Typical use cases include: (1) mapping PacBio or Oxford Nanopore genomic reads to the human genome; (2) finding overlaps between long reads with error rate up to ~15%; (3) splice-aware alignment of PacBio Iso-Seq or Nanopore cDNA or Direct RNA reads against a reference genome; (4) aligning Illumina single- or paired-end reads; (5) assembly-to-assembly alignment; (6) full- genome alignment between two closely related species with divergence below ~15%.

For ~10kb noisy reads sequences, minimap2 is tens of times faster than mainstream long-read mappers such as BLASR, BWA-MEM, NGMLR and GMAP. It is more accurate on simulated long reads and produces biologically meaningful alignment ready for downstream analyses. For >100bp Illumina short reads, minimap2 is three times as fast as BWA-MEM and Bowtie2, and as accurate on simulated data. Detailed evaluations are available from the minimap2 paper or the preprint.

Inne pakiety związane z minimap2

wymaga

poleca

sugeruje

enhances

dep: libc6 (>= 2.34) [nie alpha, ia64, sh4]

Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.40) [sh4]
dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6.1-udeb

dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]
dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [nie armel, armhf, hppa, m68k, sh4]

Biblioteka kompresyjna - pliki wykonawcze

dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3) [armel, armhf, hppa, m68k, sh4]

Pobieranie minimap2

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur
Architektura	Wersja	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
alpha (port nieoficjalny)	2.27+dfsg-1+b1	405,1 KiB	577,0 KiB	[lista plików]
amd64	2.27+dfsg-1+b2	381,5 KiB	516,0 KiB	[lista plików]
arm64	2.27+dfsg-1+b3	371,8 KiB	512,0 KiB	[lista plików]
armel	2.27+dfsg-1+b2	388,9 KiB	551,0 KiB	[lista plików]
armhf	2.27+dfsg-1+b2	389,4 KiB	479,0 KiB	[lista plików]
hppa (port nieoficjalny)	2.27+dfsg-1+b2	407,3 KiB	569,0 KiB	[lista plików]
i386	2.27+dfsg-1+b2	388,0 KiB	539,0 KiB	[lista plików]
ia64 (port nieoficjalny)	2.24+dfsg-3+b1	441,2 KiB	755,0 KiB	[lista plików]
m68k (port nieoficjalny)	2.27+dfsg-1+b2	384,8 KiB	556,0 KiB	[lista plików]
mips64el	2.27+dfsg-1+b2	402,7 KiB	584,0 KiB	[lista plików]
ppc64 (port nieoficjalny)	2.27+dfsg-1+b2	408,5 KiB	640,0 KiB	[lista plików]
ppc64el	2.27+dfsg-1+b2	392,0 KiB	576,0 KiB	[lista plików]
riscv64	2.27+dfsg-1+b2	405,7 KiB	512,0 KiB	[lista plików]
s390x	2.27+dfsg-1+b2	411,4 KiB	592,0 KiB	[lista plików]
sh4 (port nieoficjalny)	2.27+dfsg-1+b1	422,6 KiB	572,0 KiB	[lista plików]
sparc64 (port nieoficjalny)	2.27+dfsg-1+b2	392,0 KiB	1 346,0 KiB	[lista plików]
x32 (port nieoficjalny)	2.27+dfsg-1+b1	380,2 KiB	511,0 KiB	[lista plików]