Пакет: minimap2 (2.27+dfsg-1 и другие)

Ссылки для minimap2

Ресурсы Debian:

Исходный код minimap2:

Сопровождающие:

Внешние ресурсы:

Сайт [github.com]

Подобные пакеты:

versatile pairwise aligner for genomic and spliced nucleotide sequences

Minimap2 is a versatile sequence alignment program that aligns DNA or mRNA sequences against a large reference database. Typical use cases include: (1) mapping PacBio or Oxford Nanopore genomic reads to the human genome; (2) finding overlaps between long reads with error rate up to ~15%; (3) splice-aware alignment of PacBio Iso-Seq or Nanopore cDNA or Direct RNA reads against a reference genome; (4) aligning Illumina single- or paired-end reads; (5) assembly-to-assembly alignment; (6) full- genome alignment between two closely related species with divergence below ~15%.

For ~10kb noisy reads sequences, minimap2 is tens of times faster than mainstream long-read mappers such as BLASR, BWA-MEM, NGMLR and GMAP. It is more accurate on simulated long reads and produces biologically meaningful alignment ready for downstream analyses. For >100bp Illumina short reads, minimap2 is three times as fast as BWA-MEM and Bowtie2, and as accurate on simulated data. Detailed evaluations are available from the minimap2 paper or the preprint.

Другие пакеты, относящиеся к minimap2

зависимости

рекомендации

предложения

enhances

dep: libc6 (>= 2.34)

библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb
dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [не armel, armhf]

библиотека сжатия

dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3) [armel, armhf]

Загрузка minimap2

Загрузить для всех доступных архитектур
Архитектура	Версия	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
amd64	2.27+dfsg-1+b2	381,5 Кб	516,0 Кб	[список файлов]
arm64	2.27+dfsg-1+b3	371,8 Кб	512,0 Кб	[список файлов]
armel	2.27+dfsg-1+b2	388,9 Кб	551,0 Кб	[список файлов]
armhf	2.27+dfsg-1+b2	389,4 Кб	479,0 Кб	[список файлов]
i386	2.27+dfsg-1+b2	388,0 Кб	539,0 Кб	[список файлов]
mips64el	2.27+dfsg-1+b2	402,7 Кб	584,0 Кб	[список файлов]
ppc64el	2.27+dfsg-1+b2	392,0 Кб	576,0 Кб	[список файлов]
riscv64	2.27+dfsg-1+b2	405,7 Кб	512,0 Кб	[список файлов]
s390x	2.27+dfsg-1+b2	411,4 Кб	592,0 Кб	[список файлов]