Пакет: minimap2 (2.27+dfsg-1)
Ссылки для minimap2
Ресурсы Debian:
- Сообщения об ошибках
- Developer Information
- Debian журнал изменений
- Файл авторских прав
- Отслеживание заплат Debian
Исходный код minimap2:
Сопровождающие:
Внешние ресурсы:
- Сайт [github.com]
Подобные пакеты:
versatile pairwise aligner for genomic and spliced nucleotide sequences
Minimap2 is a versatile sequence alignment program that aligns DNA or mRNA sequences against a large reference database. Typical use cases include: (1) mapping PacBio or Oxford Nanopore genomic reads to the human genome; (2) finding overlaps between long reads with error rate up to ~15%; (3) splice-aware alignment of PacBio Iso-Seq or Nanopore cDNA or Direct RNA reads against a reference genome; (4) aligning Illumina single- or paired-end reads; (5) assembly-to-assembly alignment; (6) full- genome alignment between two closely related species with divergence below ~15%.
For ~10kb noisy reads sequences, minimap2 is tens of times faster than mainstream long-read mappers such as BLASR, BWA-MEM, NGMLR and GMAP. It is more accurate on simulated long reads and produces biologically meaningful alignment ready for downstream analyses. For >100bp Illumina short reads, minimap2 is three times as fast as BWA-MEM and Bowtie2, and as accurate on simulated data. Detailed evaluations are available from the minimap2 paper or the preprint.
Другие пакеты, относящиеся к minimap2
|
|
|
|
-
- dep: libc6 (>= 2.34)
- библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb
-
- dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [не armel, armhf]
- библиотека сжатия
- dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3) [armel, armhf]
Загрузка minimap2
Архитектура | Размер пакета | В установленном виде | Файлы |
---|---|---|---|
amd64 | 379,4 Кб | 507,0 Кб | [список файлов] |
arm64 | 370,6 Кб | 511,0 Кб | [список файлов] |
armel | 388,8 Кб | 550,0 Кб | [список файлов] |
armhf | 389,8 Кб | 482,0 Кб | [список файлов] |
i386 | 386,2 Кб | 530,0 Кб | [список файлов] |
mips64el | 403,8 Кб | 583,0 Кб | [список файлов] |
ppc64el | 390,6 Кб | 575,0 Кб | [список файлов] |
riscv64 | 410,4 Кб | 519,0 Кб | [список файлов] |
s390x | 410,4 Кб | 591,0 Кб | [список файлов] |