Pacote: mafft (7.505-1 e outros)

[ Fonte: mafft  ]

Multiple alignment program for amino acid or nucleotide sequences

MAFFT is a multiple sequence alignment program which offers three accuracy-oriented methods:

 * L-INS-i (probably most accurate; recommended for <200 sequences;
   iterative refinement method incorporating local pairwise alignment
   information),
 * G-INS-i (suitable for sequences of similar lengths; recommended for
   <200 sequences; iterative refinement method incorporating global
   pairwise alignment information),
 * E-INS-i (suitable for sequences containing large unalignable regions;
   recommended for <200 sequences),

and five speed-oriented methods:

 * FFT-NS-i (iterative refinement method; two cycles only),
 * FFT-NS-i (iterative refinement method; max. 1000 iterations),
 * FFT-NS-2 (fast; progressive method),
 * FFT-NS-1 (very fast; recommended for >2000 sequences; progressive
   method with a rough guide tree),
 * NW-NS-PartTree-1 (recommended for ∼50,000 sequences; progressive
   method with the PartTree algorithm).

Etiquetas: Biologia: Clustal/ALN, Proteínas, Campo: field::biology, field::biology:bioinformatics, Implementado em: implemented-in::c, interface::commandline, Função: Programa, Alcance: Utilitários, Propósito: use::comparing, works-with-format::plaintext, Funciona com: Sequência biológica

Outros pacotes relacionados a mafft

• dep: libc6 (>= 2.29) [não alpha, arm64, ia64, loong64, riscv64, sh4]

  GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
  também um pacote virtual fornecido por libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.33) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.34) [arm64, riscv64]

  dep: libc6 (>= 2.36) [loong64]

• dep: libc6.1 (>= 2.29) [alpha]

  GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
  também um pacote virtual fornecido por libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.33) [ia64]

• dep: perl

  Linguagem de extração e relatórios prática de Larry Wall

• rec: blast2

  Pacote não disponível

• rec: libwww-perl

  interface simples e coerente para a www

• rec: lynx

  navegador web (em modo texto) não gráfico clássico

• rec: ruby

  Interpreter of object-oriented scripting language Ruby (default version)

• enh: t-coffee

  Multiple Sequence Alignment

Download de mafft

Baixe para todas as arquiteturas disponíveis

Arquitetura	Versão	Tamanho do pacote	Tamanho instalado	Arquivos
alpha (porte não oficial)	7.505-1	1,032.8 kB	15,184.0 kB	[lista de arquivos]
amd64	7.505-1	1,052.5 kB	11,920.0 kB	[lista de arquivos]
arm64	7.505-1+b1	937.9 kB	12,408.0 kB	[lista de arquivos]
armel	7.505-1	916.0 kB	12,403.0 kB	[lista de arquivos]
armhf	7.505-1	765.3 kB	9,139.0 kB	[lista de arquivos]
hppa (porte não oficial)	7.505-1	890.5 kB	11,092.0 kB	[lista de arquivos]
i386	7.505-1	983.3 kB	13,119.0 kB	[lista de arquivos]
ia64 (porte não oficial)	7.505-1	1,103.2 kB	24,053.0 kB	[lista de arquivos]
loong64 (porte não oficial)	7.505-1	990.8 kB	11,911.0 kB	[lista de arquivos]
m68k (porte não oficial)	7.505-1	968.3 kB	10,923.0 kB	[lista de arquivos]
mips64el	7.505-1	873.9 kB	14,427.0 kB	[lista de arquivos]
ppc64 (porte não oficial)	7.505-1	1,036.3 kB	16,784.0 kB	[lista de arquivos]
ppc64el	7.505-1	1,019.2 kB	16,336.0 kB	[lista de arquivos]
riscv64	7.505-1+b1	1,085.5 kB	9,760.0 kB	[lista de arquivos]
s390x	7.505-1	891.0 kB	13,010.0 kB	[lista de arquivos]
sh4 (porte não oficial)	7.505-1	879.0 kB	11,959.0 kB	[lista de arquivos]
sparc64 (porte não oficial)	7.505-1	1,056.5 kB	33,604.0 kB	[lista de arquivos]
x32 (porte não oficial)	7.505-1	1,041.3 kB	11,379.0 kB	[lista de arquivos]