Pakiet: stacks (2.68+dfsg-1 i inne)

[ Pakiet źródłowy: stacks  ]

pipeline for building loci from short-read DNA sequences

Stacks is a software pipeline for building loci from short-read sequences, such as those generated on the Illumina platform. Stacks was developed to work with restriction enzyme-based data, such as RAD-seq, for the purpose of building genetic maps and conducting population genomics and phylogeography.

Note that this package installs Stacks such that all commands must be run as: $ stacks <cmdname> <args>

Inne pakiety związane z stacks

• dep: bsdextrautils

  Dodatkowe narzędzia z 4.4BSD-Lite

• dep: libc6 (>= 2.38) [nie alpha, ia64, sh4]

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.39) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]

• dep: libdbi-perl

  Interfejs bazodanowy Perl (DBI)

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, i386, mips64el, s390x, x32]

  Biblioteka wspomagająca GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sh4, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4) [ppc64, ppc64el]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  Biblioteka wspomagająca GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  Biblioteka wspomagająca GCC

• dep: libgomp1 (>= 6)

  Biblioteka wspierająca GCC OpenMP (GOMP)

• dep: libhts3t64 (>= 1.17)

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [ia64, m68k]

  Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3

  dep: libstdc++6 (>= 14) [nie ia64, m68k]

• dep: libunwind8 [ia64]

  Biblioteka do ustalania łańcucha wywołań programu - środowisko uruchomieniowe

• dep: python3

  Interaktywny, wysokopoziomowy i obiektowy język programowania (domyślna wersja Python 3)

• dep: samtools

  Przetwarzanie dopasowań sekwencji w formatach SAM, BAM i CRAM

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.6)

  Biblioteka kompresyjna - pliki wykonawcze

• rec: libspreadsheet-writeexcel-perl

  module to create Excel spreadsheets

• rec: littler

  GNU R scripting and command-line front-end -- transition package
  również pakiet wirtualny udostępniany przez r-cran-littler

• sug: gdb

  GNU Debugger
  również pakiet wirtualny udostępniany przez gdb-minimal

Pobieranie stacks

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Wersja	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
alpha (port nieoficjalny)	2.68+dfsg-1	1 111,6 KiB	6 814,0 KiB	[lista plików]
amd64	2.68+dfsg-1	1 229,7 KiB	6 153,0 KiB	[lista plików]
arm64	2.68+dfsg-1	1 053,9 KiB	5 829,0 KiB	[lista plików]
armel	2.68+dfsg-1	1 021,0 KiB	5 341,0 KiB	[lista plików]
armhf	2.68+dfsg-1	1 044,3 KiB	3 781,0 KiB	[lista plików]
hppa (port nieoficjalny)	2.68+dfsg-1	1 082,3 KiB	5 474,0 KiB	[lista plików]
i386	2.68+dfsg-1	1 299,2 KiB	6 437,0 KiB	[lista plików]
ia64 (port nieoficjalny)	2.66+dfsg-1+b1	1 286,9 KiB	11 193,0 KiB	[lista plików]
m68k (port nieoficjalny)	2.68+dfsg-1	1 101,0 KiB	5 753,0 KiB	[lista plików]
mips64el	2.68+dfsg-1	1 102,8 KiB	7 664,0 KiB	[lista plików]
ppc64 (port nieoficjalny)	2.68+dfsg-1	1 151,8 KiB	7 749,0 KiB	[lista plików]
ppc64el	2.68+dfsg-1	1 168,3 KiB	7 109,0 KiB	[lista plików]
riscv64	2.68+dfsg-1	1 145,9 KiB	4 405,0 KiB	[lista plików]
s390x	2.68+dfsg-1	1 156,0 KiB	6 289,0 KiB	[lista plików]
sh4 (port nieoficjalny)	2.68+dfsg-1	1 347,3 KiB	5 689,0 KiB	[lista plików]
sparc64 (port nieoficjalny)	2.68+dfsg-1	983,6 KiB	12 602,0 KiB	[lista plików]
x32 (port nieoficjalny)	2.68+dfsg-1	1 235,1 KiB	5 813,0 KiB	[lista plików]