Pakiet: stacks (2.62+dfsg-1)

[ Pakiet źródłowy: stacks  ]

pipeline for building loci from short-read DNA sequences

Stacks is a software pipeline for building loci from short-read sequences, such as those generated on the Illumina platform. Stacks was developed to work with restriction enzyme-based data, such as RAD-seq, for the purpose of building genetic maps and conducting population genomics and phylogeography.

Note that this package installs Stacks such that all commands must be run as: $ stacks <cmdname> <args>

Inne pakiety związane z stacks

• dep: libc6 (>= 2.34)

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

• dep: libdbi-perl

  Interfejs bazodanowy Perl (DBI)

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [nie armel, armhf, ppc64el]

  Biblioteka wspomagająca GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4) [ppc64el]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

• dep: libgomp1 (>= 6)

  Biblioteka wspierająca GCC OpenMP (GOMP)

• dep: libhts3 (>= 1.10)

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libstdc++6 (>= 11)

  Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3

• dep: samtools

  Przetwarzanie dopasowań sekwencji w formatach SAM, BAM i CRAM

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.6)

  Biblioteka kompresyjna - pliki wykonawcze

• rec: libspreadsheet-writeexcel-perl

  module to create Excel spreadsheets

• rec: littler

  GNU R scripting and command-line front-end -- transition package
  również pakiet wirtualny udostępniany przez r-cran-littler

• rec: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

Pobieranie stacks

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
amd64	1 097,7 KiB	5 453,0 KiB	[lista plików]
arm64	955,8 KiB	5 203,0 KiB	[lista plików]
armel	923,7 KiB	5 118,0 KiB	[lista plików]
armhf	947,0 KiB	3 774,0 KiB	[lista plików]
i386	1 177,1 KiB	5 834,0 KiB	[lista plików]
mips64el	1 042,4 KiB	7 497,0 KiB	[lista plików]
mipsel	1 058,5 KiB	6 945,0 KiB	[lista plików]
ppc64el	1 093,5 KiB	6 931,0 KiB	[lista plików]
s390x	961,6 KiB	5 715,0 KiB	[lista plików]