パッケージ: libseqlib2 (1.2.0+dfsg-11 など)

[ ソース: libseqlib  ]

C++ htslib/bwa-mem/fermi interface for interrogating sequence data

C++ API and command line tool that provides a rapid and user-friendly interface to BAM/SAM/CRAM files, global sequence alignment operations and sequence assembly. Four C libraries perform core operations in SeqLib: HTSlib for BAM access, BWA-MEM and BLAT for sequence alignment and Fermi for error correction and sequence assembly. Benchmarking indicates that SeqLib has lower CPU and memory requirements than leading C++ sequence analysis APIs. Minimal SeqLib code can extract, error-correct and assemble reads from a CRAM file and then align with BWA-MEM. SeqLib also provides additional capabilities, including chromosome-aware interval queries and read plotting. Command line tools are available for performing integrated error correction, micro-assemblies and alignment.

タグ: 役割: 共有ライブラリ

その他の libseqlib2 関連パッケージ

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  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.40) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]

• dep: libfml0 (>= 0.1+git20190320.b499514)

  library for assembling Illumina short reads in small regions

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  GCC 共有ライブラリ

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64, sh4]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  GCC 共有ライブラリ

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  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libjsoncpp25 (>= 1.9.5) [ia64]

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• dep: libjsoncpp26 (>= 1.9.6) [ia64 以外]

  library for reading and writing JSON for C++

• dep: liblzma5 (>= 5.1.1alpha+20110809) [sparc64]

  XZ 形式の圧縮ライブラリ

• dep: libssw0 (>= 1.1)

  fast SIMD parallelized implementation of the Smith-Waterman algorithm

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  GNU 標準 C++ ライブラリ v3

• dep: libunwind8 [ia64]

  プログラムのコールチェーン測定ライブラリ - ランタイム版

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [armel, armhf, m68k, sh4 以外]

  圧縮ライブラリ - ランタイム

  dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3) [armel, armhf, m68k, sh4]

libseqlib2 のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード

アーキテクチャ	バージョン	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
alpha (非公式の移植版)	1.2.0+dfsg-11+b2	150.7 kB	537.0 kB	[ファイル一覧]
amd64	1.2.0+dfsg-11+b2	167.9 kB	565.0 kB	[ファイル一覧]
arm64	1.2.0+dfsg-11+b2	142.7 kB	533.0 kB	[ファイル一覧]
armel	1.2.0+dfsg-11+b2	135.3 kB	435.0 kB	[ファイル一覧]
armhf	1.2.0+dfsg-11+b2	138.4 kB	335.0 kB	[ファイル一覧]
i386	1.2.0+dfsg-11+b2	177.2 kB	511.0 kB	[ファイル一覧]
ia64 (非公式の移植版)	1.2.0+dfsg-11+b1	192.3 kB	885.0 kB	[ファイル一覧]
m68k (非公式の移植版)	1.2.0+dfsg-11+b2	150.6 kB	467.0 kB	[ファイル一覧]
mips64el	1.2.0+dfsg-11+b2	141.1 kB	556.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64 (非公式の移植版)	1.2.0+dfsg-11+b2	165.1 kB	661.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64el	1.2.0+dfsg-11+b2	167.0 kB	597.0 kB	[ファイル一覧]
riscv64	1.2.0+dfsg-11+b2	156.6 kB	396.0 kB	[ファイル一覧]
s390x	1.2.0+dfsg-11+b2	157.8 kB	512.0 kB	[ファイル一覧]
sh4 (非公式の移植版)	1.2.0+dfsg-11+b2	182.0 kB	470.0 kB	[ファイル一覧]
sparc64 (非公式の移植版)	1.2.0+dfsg-11+b2	129.4 kB	1,059.0 kB	[ファイル一覧]
x32 (非公式の移植版)	1.2.0+dfsg-11+b2	164.2 kB	475.0 kB	[ファイル一覧]