パッケージ: libseqlib2 (1.2.0+dfsg-11 など)
libseqlib2 に関するリンク
Debian の資源:
libseqlib ソースパッケージをダウンロード:
- [libseqlib_1.2.0+dfsg-11.dsc]
- [libseqlib_1.2.0+dfsg.orig.tar.xz]
- [libseqlib_1.2.0+dfsg-11.debian.tar.xz]
メンテナ:
外部の資源:
- ホームページ [github.com]
類似のパッケージ:
C++ htslib/bwa-mem/fermi interface for interrogating sequence data
C++ API and command line tool that provides a rapid and user-friendly interface to BAM/SAM/CRAM files, global sequence alignment operations and sequence assembly. Four C libraries perform core operations in SeqLib: HTSlib for BAM access, BWA-MEM and BLAT for sequence alignment and Fermi for error correction and sequence assembly. Benchmarking indicates that SeqLib has lower CPU and memory requirements than leading C++ sequence analysis APIs. Minimal SeqLib code can extract, error-correct and assemble reads from a CRAM file and then align with BWA-MEM. SeqLib also provides additional capabilities, including chromosome-aware interval queries and read plotting. Command line tools are available for performing integrated error correction, micro-assemblies and alignment.
その他の libseqlib2 関連パッケージ
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- dep: libc6 (>= 2.38)
- GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb
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- dep: libfml0 (>= 0.1+git20190320.b499514)
- library for assembling Illumina short reads in small regions
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- dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [armel, armhf, riscv64 以外]
- GCC 共有ライブラリ
- dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [riscv64]
- dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]
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- dep: libhts3t64 (>= 1.17)
- C library for high-throughput sequencing data formats
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- dep: libjsoncpp26 (>= 1.9.6)
- library for reading and writing JSON for C++
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- dep: libssw0 (>= 1.1)
- fast SIMD parallelized implementation of the Smith-Waterman algorithm
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- dep: libstdc++6 (>= 13.1)
- GNU 標準 C++ ライブラリ v3
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- dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [armel, armhf 以外]
- 圧縮ライブラリ - ランタイム
- dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3) [armel, armhf]
libseqlib2 のダウンロード
| アーキテクチャ | バージョン | パッケージサイズ | インストールサイズ | ファイル |
|---|---|---|---|---|
| amd64 | 1.2.0+dfsg-11+b3 | 168.1 kB | 564.0 kB | [ファイル一覧] |
| arm64 | 1.2.0+dfsg-11+b3 | 143.3 kB | 533.0 kB | [ファイル一覧] |
| armel | 1.2.0+dfsg-11+b3 | 135.4 kB | 467.0 kB | [ファイル一覧] |
| armhf | 1.2.0+dfsg-11+b3 | 138.4 kB | 339.0 kB | [ファイル一覧] |
| i386 | 1.2.0+dfsg-11+b3 | 177.6 kB | 511.0 kB | [ファイル一覧] |
| mips64el | 1.2.0+dfsg-11+b3 | 145.4 kB | 556.0 kB | [ファイル一覧] |
| ppc64el | 1.2.0+dfsg-11+b3 | 167.0 kB | 597.0 kB | [ファイル一覧] |
| riscv64 | 1.2.0+dfsg-11+b3 | 156.6 kB | 396.0 kB | [ファイル一覧] |
| s390x | 1.2.0+dfsg-11+b3 | 157.8 kB | 512.0 kB | [ファイル一覧] |