Paquet : libseqlib2 (1.2.0+dfsg-11 et autres)

[ Paquet source : libseqlib  ]

C++ htslib/bwa-mem/fermi interface for interrogating sequence data

C++ API and command line tool that provides a rapid and user-friendly interface to BAM/SAM/CRAM files, global sequence alignment operations and sequence assembly. Four C libraries perform core operations in SeqLib: HTSlib for BAM access, BWA-MEM and BLAT for sequence alignment and Fermi for error correction and sequence assembly. Benchmarking indicates that SeqLib has lower CPU and memory requirements than leading C++ sequence analysis APIs. Minimal SeqLib code can extract, error-correct and assemble reads from a CRAM file and then align with BWA-MEM. SeqLib also provides additional capabilities, including chromosome-aware interval queries and read plotting. Command line tools are available for performing integrated error correction, micro-assemblies and alignment.

Étiquettes: Rôle: Bibliothèque partagée

Autres paquets associés à libseqlib2

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• dep: libc6 (>= 2.38) [non alpha, ia64, sh4]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.40) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]

• dep: libfml0 (>= 0.1+git20190320.b499514)

  library for assembling Illumina short reads in small regions

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, i386, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64, sh4]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libhts3t64 (>= 1.17)

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libjsoncpp25 (>= 1.9.5) [ia64]

  library for reading and writing JSON for C++

• dep: libjsoncpp26 (>= 1.9.6) [non ia64]

  library for reading and writing JSON for C++

• dep: liblzma5 (>= 5.1.1alpha+20110809) [sparc64]

  librairie de compression au format XZ

• dep: libssw0 (>= 1.1)

  fast SIMD parallelized implementation of the Smith-Waterman algorithm

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

• dep: libunwind8 [ia64]

  bibliothèque pour déterminer la chaîne d'appel d'un programme –⋅exécutable

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [non armel, armhf, m68k, sh4]

  Bibliothèque de compression - binaires

  dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3) [armel, armhf, m68k, sh4]

Télécharger libseqlib2

Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
alpha (portage non officiel)	1.2.0+dfsg-11+b2	150,7 ko	537,0 ko	[liste des fichiers]
amd64	1.2.0+dfsg-11+b2	167,9 ko	565,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	1.2.0+dfsg-11+b2	142,7 ko	533,0 ko	[liste des fichiers]
armel	1.2.0+dfsg-11+b2	135,3 ko	435,0 ko	[liste des fichiers]
armhf	1.2.0+dfsg-11+b2	138,4 ko	335,0 ko	[liste des fichiers]
i386	1.2.0+dfsg-11+b2	177,2 ko	511,0 ko	[liste des fichiers]
ia64 (portage non officiel)	1.2.0+dfsg-11+b1	192,3 ko	885,0 ko	[liste des fichiers]
m68k (portage non officiel)	1.2.0+dfsg-11+b2	150,6 ko	467,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	1.2.0+dfsg-11+b2	141,1 ko	556,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64 (portage non officiel)	1.2.0+dfsg-11+b2	165,1 ko	661,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	1.2.0+dfsg-11+b2	167,0 ko	597,0 ko	[liste des fichiers]
riscv64	1.2.0+dfsg-11+b2	156,6 ko	396,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	1.2.0+dfsg-11+b2	157,8 ko	512,0 ko	[liste des fichiers]
sh4 (portage non officiel)	1.2.0+dfsg-11+b2	182,0 ko	470,0 ko	[liste des fichiers]
sparc64 (portage non officiel)	1.2.0+dfsg-11+b2	129,4 ko	1 059,0 ko	[liste des fichiers]
x32 (portage non officiel)	1.2.0+dfsg-11+b2	164,2 ko	475,0 ko	[liste des fichiers]