Пакет: libseqlib2 (1.2.0+dfsg-11 и другие)

[ Источник: libseqlib  ]

C++ htslib/bwa-mem/fermi interface for interrogating sequence data

C++ API and command line tool that provides a rapid and user-friendly interface to BAM/SAM/CRAM files, global sequence alignment operations and sequence assembly. Four C libraries perform core operations in SeqLib: HTSlib for BAM access, BWA-MEM and BLAT for sequence alignment and Fermi for error correction and sequence assembly. Benchmarking indicates that SeqLib has lower CPU and memory requirements than leading C++ sequence analysis APIs. Minimal SeqLib code can extract, error-correct and assemble reads from a CRAM file and then align with BWA-MEM. SeqLib also provides additional capabilities, including chromosome-aware interval queries and read plotting. Command line tools are available for performing integrated error correction, micro-assemblies and alignment.

Теги: Роль: Динамическая библиотека

Другие пакеты, относящиеся к libseqlib2

• dep: libc6 (>= 2.38) [не alpha, ia64, loong64, sh4]

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.40) [loong64, sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]

• dep: libfml0 (>= 0.1+git20190320.b499514)

  library for assembling Illumina short reads in small regions

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [не alpha, armel, armhf, ia64, m68k, riscv64, sh4, sparc64]

  вспомогательная библиотека GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64, sh4]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  вспомогательная библиотека GCC

• dep: libhts3t64 (>= 1.17)

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libjsoncpp25 (>= 1.9.5) [ia64]

  library for reading and writing JSON for C++

• dep: libjsoncpp26 (>= 1.9.6) [не ia64]

  library for reading and writing JSON for C++

• dep: libssw0 (>= 1.1)

  fast SIMD parallelized implementation of the Smith-Waterman algorithm

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  стандартная библиотека GNU C++ версии 3

• dep: libunwind8 [ia64]

  библиотека для выявления цепочки вызовов функций в программе

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [не armel, armhf, m68k, sh4]

  библиотека сжатия

  dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3) [armel, armhf, m68k, sh4]

Загрузка libseqlib2

Загрузить для всех доступных архитектур

Архитектура	Версия	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
alpha (неофициальный перенос)	1.2.0+dfsg-11+b3	150,7 Кб	537,0 Кб	[список файлов]
amd64	1.2.0+dfsg-11+b3	168,1 Кб	564,0 Кб	[список файлов]
arm64	1.2.0+dfsg-11+b3	143,3 Кб	533,0 Кб	[список файлов]
armel	1.2.0+dfsg-11+b3	135,4 Кб	467,0 Кб	[список файлов]
armhf	1.2.0+dfsg-11+b3	138,4 Кб	339,0 Кб	[список файлов]
i386	1.2.0+dfsg-11+b3	177,6 Кб	511,0 Кб	[список файлов]
ia64 (неофициальный перенос)	1.2.0+dfsg-11+b1	192,3 Кб	885,0 Кб	[список файлов]
loong64 (неофициальный перенос)	1.2.0+dfsg-11+b3	149,6 Кб	532,0 Кб	[список файлов]
m68k (неофициальный перенос)	1.2.0+dfsg-11+b3	150,6 Кб	467,0 Кб	[список файлов]
mips64el	1.2.0+dfsg-11+b3	145,4 Кб	556,0 Кб	[список файлов]
ppc64 (неофициальный перенос)	1.2.0+dfsg-11+b3	165,5 Кб	661,0 Кб	[список файлов]
ppc64el	1.2.0+dfsg-11+b3	167,0 Кб	597,0 Кб	[список файлов]
riscv64	1.2.0+dfsg-11+b3	156,6 Кб	396,0 Кб	[список файлов]
s390x	1.2.0+dfsg-11+b3	157,8 Кб	512,0 Кб	[список файлов]
sh4 (неофициальный перенос)	1.2.0+dfsg-11+b3	182,0 Кб	470,0 Кб	[список файлов]
sparc64 (неофициальный перенос)	1.2.0+dfsg-11+b3	129,5 Кб	1 059,0 Кб	[список файлов]
x32 (неофициальный перенос)	1.2.0+dfsg-11+b3	165,0 Кб	475,0 Кб	[список файлов]