[ ソース: libssw ]
パッケージ: libssw0 (1.1-15 など)
fast SIMD parallelized implementation of the Smith-Waterman algorithm
SSW is a fast implementation of the Smith-Waterman algorithm, which uses the Single-Instruction Multiple-Data (SIMD) instructions to parallelize the algorithm at the instruction level. SSW library provides an API that can be flexibly used by programs written in C, C++ and other languages. The library can do protein and genome alignment directly. Current version of this implementation is ~50 times faster than an ordinary Smith-Waterman. It can return the Smith-Waterman score, alignment location and traceback path (cigar) of the optimal alignment accurately; and return the sub-optimal alignment score and location heuristically.
その他の libssw0 関連パッケージ
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- dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]
- GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb
- dep: libc6 (>= 2.16) [x32]
- dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]
- dep: libc6 (>= 2.27) [riscv64]
- dep: libc6 (>= 2.4) [armel, armhf, i386, m68k, mips64el, ppc64, s390x, sparc64]
- dep: libc6 (>= 2.40) [sh4]
- dep: libc6 (>= 2.41) [loong64]
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- dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]
- GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6.1-udeb
- dep: libc6.1 (>= 2.4) [alpha]
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- dep: libgcc-s1 (>= 3.3.1) [armel, armhf, ia64, m68k 以外]
- GCC 共有ライブラリ
- dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]
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- dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]
- GCC 共有ライブラリ
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- dep: libstdc++6 (>= 11)
- GNU 標準 C++ ライブラリ v3
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- dep: libunwind8 [ia64]
- プログラムのコールチェーン測定ライブラリ - ランタイム版
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- dep: zlib1g
- 圧縮ライブラリ - ランタイム
libssw0 のダウンロード
| アーキテクチャ | バージョン | パッケージサイズ | インストールサイズ | ファイル |
|---|---|---|---|---|
| alpha (非公式の移植版) | 1.1-15+b2 | 25.1 kB | 85.0 kB | [ファイル一覧] |
| amd64 | 1.1-15+b2 | 21.3 kB | 64.0 kB | [ファイル一覧] |
| arm64 | 1.1-15+b2 | 19.6 kB | 84.0 kB | [ファイル一覧] |
| armel | 1.1-15+b2 | 20.9 kB | 84.0 kB | [ファイル一覧] |
| armhf | 1.1-15+b2 | 21.2 kB | 84.0 kB | [ファイル一覧] |
| i386 | 1.1-15+b2 | 26.1 kB | 84.0 kB | [ファイル一覧] |
| ia64 (非公式の移植版) | 1.1-14 | 28.7 kB | 89.0 kB | [ファイル一覧] |
| loong64 (非公式の移植版) | 1.1-15+b2 | 20.5 kB | 84.0 kB | [ファイル一覧] |
| m68k (非公式の移植版) | 1.1-15+b2 | 23.0 kB | 68.0 kB | [ファイル一覧] |
| mips64el | 1.1-15+b2 | 25.5 kB | 86.0 kB | [ファイル一覧] |
| ppc64 (非公式の移植版) | 1.1-15+b2 | 25.2 kB | 84.0 kB | [ファイル一覧] |
| ppc64el | 1.1-15+b2 | 22.3 kB | 84.0 kB | [ファイル一覧] |
| riscv64 | 1.1-15+b2 | 25.3 kB | 60.0 kB | [ファイル一覧] |
| s390x | 1.1-15+b2 | 25.5 kB | 68.0 kB | [ファイル一覧] |
| sh4 (非公式の移植版) | 1.1-15+b2 | 27.9 kB | 84.0 kB | [ファイル一覧] |
| sparc64 (非公式の移植版) | 1.1-15+b2 | 23.8 kB | 1,046.0 kB | [ファイル一覧] |
| x32 (非公式の移植版) | 1.1-15+b2 | 21.2 kB | 60.0 kB | [ファイル一覧] |