Pakiet: libseqlib2 (1.2.0+dfsg-11 i inne)

[ Pakiet źródłowy: libseqlib  ]

C++ htslib/bwa-mem/fermi interface for interrogating sequence data

C++ API and command line tool that provides a rapid and user-friendly interface to BAM/SAM/CRAM files, global sequence alignment operations and sequence assembly. Four C libraries perform core operations in SeqLib: HTSlib for BAM access, BWA-MEM and BLAT for sequence alignment and Fermi for error correction and sequence assembly. Benchmarking indicates that SeqLib has lower CPU and memory requirements than leading C++ sequence analysis APIs. Minimal SeqLib code can extract, error-correct and assemble reads from a CRAM file and then align with BWA-MEM. SeqLib also provides additional capabilities, including chromosome-aware interval queries and read plotting. Command line tools are available for performing integrated error correction, micro-assemblies and alignment.

Znaczniki: Rola: Biblioteka współdzielona

Inne pakiety związane z libseqlib2

• dep: libc6 (>= 2.38) [nie alpha, ia64, sh4]

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.40) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]

• dep: libfml0 (>= 0.1+git20190320.b499514)

  library for assembling Illumina short reads in small regions

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, i386, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

  Biblioteka wspomagająca GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64, sh4]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  Biblioteka wspomagająca GCC

• dep: libhts3t64 (>= 1.17)

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libjsoncpp25 (>= 1.9.5) [ia64]

  library for reading and writing JSON for C++

• dep: libjsoncpp26 (>= 1.9.6) [nie ia64]

  library for reading and writing JSON for C++

• dep: libssw0 (>= 1.1)

  fast SIMD parallelized implementation of the Smith-Waterman algorithm

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3

• dep: libunwind8 [ia64]

  Biblioteka do ustalania łańcucha wywołań programu - środowisko uruchomieniowe

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [nie armel, armhf, m68k, sh4]

  Biblioteka kompresyjna - pliki wykonawcze

  dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3) [armel, armhf, m68k, sh4]

Pobieranie libseqlib2

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Wersja	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
alpha (port nieoficjalny)	1.2.0+dfsg-11+b2	150,7 KiB	537,0 KiB	[lista plików]
amd64	1.2.0+dfsg-11+b3	168,1 KiB	564,0 KiB	[lista plików]
arm64	1.2.0+dfsg-11+b3	143,3 KiB	533,0 KiB	[lista plików]
armel	1.2.0+dfsg-11+b3	135,4 KiB	467,0 KiB	[lista plików]
armhf	1.2.0+dfsg-11+b3	138,4 KiB	339,0 KiB	[lista plików]
i386	1.2.0+dfsg-11+b3	177,6 KiB	511,0 KiB	[lista plików]
ia64 (port nieoficjalny)	1.2.0+dfsg-11+b1	192,3 KiB	885,0 KiB	[lista plików]
m68k (port nieoficjalny)	1.2.0+dfsg-11+b3	150,6 KiB	467,0 KiB	[lista plików]
mips64el	1.2.0+dfsg-11+b3	145,4 KiB	556,0 KiB	[lista plików]
ppc64 (port nieoficjalny)	1.2.0+dfsg-11+b3	165,5 KiB	661,0 KiB	[lista plików]
ppc64el	1.2.0+dfsg-11+b3	167,0 KiB	597,0 KiB	[lista plików]
riscv64	1.2.0+dfsg-11+b3	156,6 KiB	396,0 KiB	[lista plików]
s390x	1.2.0+dfsg-11+b3	157,8 KiB	512,0 KiB	[lista plików]
sh4 (port nieoficjalny)	1.2.0+dfsg-11+b3	182,0 KiB	470,0 KiB	[lista plików]
sparc64 (port nieoficjalny)	1.2.0+dfsg-11+b3	129,5 KiB	1 059,0 KiB	[lista plików]
x32 (port nieoficjalny)	1.2.0+dfsg-11+b2	164,2 KiB	475,0 KiB	[lista plików]