Paket: libseqlib2 (1.2.0+dfsg-11 und andere)

[ Quellcode: libseqlib  ]

C++ htslib/bwa-mem/fermi interface for interrogating sequence data

C++ API and command line tool that provides a rapid and user-friendly interface to BAM/SAM/CRAM files, global sequence alignment operations and sequence assembly. Four C libraries perform core operations in SeqLib: HTSlib for BAM access, BWA-MEM and BLAT for sequence alignment and Fermi for error correction and sequence assembly. Benchmarking indicates that SeqLib has lower CPU and memory requirements than leading C++ sequence analysis APIs. Minimal SeqLib code can extract, error-correct and assemble reads from a CRAM file and then align with BWA-MEM. SeqLib also provides additional capabilities, including chromosome-aware interval queries and read plotting. Command line tools are available for performing integrated error correction, micro-assemblies and alignment.

Markierungen: Rolle: Laufzeit-Bibliothek

Andere Pakete mit Bezug zu libseqlib2

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  dep: libc6 (>= 2.40) [sh4]

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  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]

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libseqlib2 herunterladen

Download für alle verfügbaren Architekturen

Architektur	Version	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
alpha (inoffizielle Portierung)	1.2.0+dfsg-11+b3	150,7 kB	537,0 kB	[Liste der Dateien]
amd64	1.2.0+dfsg-11+b3	168,1 kB	564,0 kB	[Liste der Dateien]
arm64	1.2.0+dfsg-11+b3	143,3 kB	533,0 kB	[Liste der Dateien]
armel	1.2.0+dfsg-11+b3	135,4 kB	467,0 kB	[Liste der Dateien]
armhf	1.2.0+dfsg-11+b3	138,4 kB	339,0 kB	[Liste der Dateien]
i386	1.2.0+dfsg-11+b3	177,6 kB	511,0 kB	[Liste der Dateien]
ia64 (inoffizielle Portierung)	1.2.0+dfsg-11+b1	192,3 kB	885,0 kB	[Liste der Dateien]
m68k (inoffizielle Portierung)	1.2.0+dfsg-11+b3	150,6 kB	467,0 kB	[Liste der Dateien]
mips64el	1.2.0+dfsg-11+b3	145,4 kB	556,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64 (inoffizielle Portierung)	1.2.0+dfsg-11+b3	165,5 kB	661,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64el	1.2.0+dfsg-11+b3	167,0 kB	597,0 kB	[Liste der Dateien]
riscv64	1.2.0+dfsg-11+b3	156,6 kB	396,0 kB	[Liste der Dateien]
s390x	1.2.0+dfsg-11+b3	157,8 kB	512,0 kB	[Liste der Dateien]
sh4 (inoffizielle Portierung)	1.2.0+dfsg-11+b3	182,0 kB	470,0 kB	[Liste der Dateien]
sparc64 (inoffizielle Portierung)	1.2.0+dfsg-11+b3	129,5 kB	1.059,0 kB	[Liste der Dateien]
x32 (inoffizielle Portierung)	1.2.0+dfsg-11+b3	165,0 kB	475,0 kB	[Liste der Dateien]