Paketti: libseqlib2 (1.2.0+dfsg-11 ja muut)

[ Source: libseqlib  ]

C++ htslib/bwa-mem/fermi interface for interrogating sequence data

C++ API and command line tool that provides a rapid and user-friendly interface to BAM/SAM/CRAM files, global sequence alignment operations and sequence assembly. Four C libraries perform core operations in SeqLib: HTSlib for BAM access, BWA-MEM and BLAT for sequence alignment and Fermi for error correction and sequence assembly. Benchmarking indicates that SeqLib has lower CPU and memory requirements than leading C++ sequence analysis APIs. Minimal SeqLib code can extract, error-correct and assemble reads from a CRAM file and then align with BWA-MEM. SeqLib also provides additional capabilities, including chromosome-aware interval queries and read plotting. Command line tools are available for performing integrated error correction, micro-assemblies and alignment.

Tagit: Role: Shared Library

Muut pakettiin libseqlib2 liittyvät paketit

• dep: libc6 (>= 2.38) [ei alpha, ia64, loong64, sh4]

  GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
  myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.40) [loong64, sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

  GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
  myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]

• dep: libfml0 (>= 0.1+git20190320.b499514)

  library for assembling Illumina short reads in small regions

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [ei alpha, armel, armhf, ia64, m68k, riscv64, sh4, sparc64]

  GCC:n apukirjasto

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64, sh4]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  GCC:n apukirjasto

• dep: libhts3t64 (>= 1.17)

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libjsoncpp25 (>= 1.9.5) [ia64]

  library for reading and writing JSON for C++

• dep: libjsoncpp26 (>= 1.9.6) [ei ia64]

  library for reading and writing JSON for C++

• dep: libssw0 (>= 1.1)

  fast SIMD parallelized implementation of the Smith-Waterman algorithm

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  GNU standardi C++ -kirjasto, versio 3

• dep: libunwind8 [ia64]

  library to determine the call-chain of a program - runtime

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [ei armel, armhf, m68k, sh4]

  pakkauskirjaston ajonaikaistiedostot

  dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3) [armel, armhf, m68k, sh4]

Imuroi libseqlib2

Imurointi kaikille saataville arkkitehtuureille

Arkkitehtuuri	Versio	Paketin koko	Koko asennettuna	Tiedostot
alpha (epävirallinen siirros)	1.2.0+dfsg-11+b3	150.7 kt	537.0 kt	[tiedostoluettelo]
amd64	1.2.0+dfsg-11+b3	168.1 kt	564.0 kt	[tiedostoluettelo]
arm64	1.2.0+dfsg-11+b3	143.3 kt	533.0 kt	[tiedostoluettelo]
armel	1.2.0+dfsg-11+b3	135.4 kt	467.0 kt	[tiedostoluettelo]
armhf	1.2.0+dfsg-11+b3	138.4 kt	339.0 kt	[tiedostoluettelo]
i386	1.2.0+dfsg-11+b3	177.6 kt	511.0 kt	[tiedostoluettelo]
ia64 (epävirallinen siirros)	1.2.0+dfsg-11+b1	192.3 kt	885.0 kt	[tiedostoluettelo]
loong64 (epävirallinen siirros)	1.2.0+dfsg-11+b3	149.6 kt	532.0 kt	[tiedostoluettelo]
m68k (epävirallinen siirros)	1.2.0+dfsg-11+b3	150.6 kt	467.0 kt	[tiedostoluettelo]
mips64el	1.2.0+dfsg-11+b3	145.4 kt	556.0 kt	[tiedostoluettelo]
ppc64 (epävirallinen siirros)	1.2.0+dfsg-11+b3	165.5 kt	661.0 kt	[tiedostoluettelo]
ppc64el	1.2.0+dfsg-11+b3	167.0 kt	597.0 kt	[tiedostoluettelo]
riscv64	1.2.0+dfsg-11+b3	156.6 kt	396.0 kt	[tiedostoluettelo]
s390x	1.2.0+dfsg-11+b3	157.8 kt	512.0 kt	[tiedostoluettelo]
sh4 (epävirallinen siirros)	1.2.0+dfsg-11+b3	182.0 kt	470.0 kt	[tiedostoluettelo]
sparc64 (epävirallinen siirros)	1.2.0+dfsg-11+b3	129.5 kt	1,059.0 kt	[tiedostoluettelo]
x32 (epävirallinen siirros)	1.2.0+dfsg-11+b3	165.0 kt	475.0 kt	[tiedostoluettelo]