パッケージ: libseqlib2 (1.2.0+dfsg-4)
libseqlib2 に関するリンク
Debian の資源:
libseqlib ソースパッケージをダウンロード:
- [libseqlib_1.2.0+dfsg-4.dsc]
- [libseqlib_1.2.0+dfsg.orig.tar.xz]
- [libseqlib_1.2.0+dfsg-4.debian.tar.xz]
メンテナ:
外部の資源:
- ホームページ [github.com]
類似のパッケージ:
C++ htslib/bwa-mem/fermi interface for interrogating sequence data
C++ API and command line tool that provides a rapid and user-friendly interface to BAM/SAM/CRAM files, global sequence alignment operations and sequence assembly. Four C libraries perform core operations in SeqLib: HTSlib for BAM access, BWA-MEM and BLAT for sequence alignment and Fermi for error correction and sequence assembly. Benchmarking indicates that SeqLib has lower CPU and memory requirements than leading C++ sequence analysis APIs. Minimal SeqLib code can extract, error-correct and assemble reads from a CRAM file and then align with BWA-MEM. SeqLib also provides additional capabilities, including chromosome-aware interval queries and read plotting. Command line tools are available for performing integrated error correction, micro-assemblies and alignment.
その他の libseqlib2 関連パッケージ
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- dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]
- GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb
- dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]
- dep: libc6 (>= 2.4) [amd64, arm64, ppc64el 以外]
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- dep: libfml0 (>= 0.1+git20190320.b499514)
- library for assembling Illumina short reads in small regions
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- dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [armel, armhf, mipsel 以外]
- GCC 共有ライブラリ
- dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]
- dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [mipsel]
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- dep: libhts3 (>= 1.10)
- C library for high-throughput sequencing data formats
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- dep: libjsoncpp24 (>= 1.9.4)
- library for reading and writing JSON for C++
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- dep: libssw0 (>= 1.1)
- fast SIMD parallelized implementation of the Smith-Waterman algorithm
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- dep: libstdc++6 (>= 5.2) [armel, armhf]
- GNU 標準 C++ ライブラリ v3
- dep: libstdc++6 (>= 9) [armel, armhf 以外]
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- dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)
- 圧縮ライブラリ - ランタイム
libseqlib2 のダウンロード
アーキテクチャ | パッケージサイズ | インストールサイズ | ファイル |
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amd64 | 158.6 kB | 565.0 kB | [ファイル一覧] |
arm64 | 144.6 kB | 528.0 kB | [ファイル一覧] |
armel | 135.5 kB | 484.0 kB | [ファイル一覧] |
armhf | 139.2 kB | 391.0 kB | [ファイル一覧] |
i386 | 172.1 kB | 566.0 kB | [ファイル一覧] |
mips64el | 145.6 kB | 613.0 kB | [ファイル一覧] |
mipsel | 146.5 kB | 590.0 kB | [ファイル一覧] |
ppc64el | 167.1 kB | 661.0 kB | [ファイル一覧] |
s390x | 142.8 kB | 572.0 kB | [ファイル一覧] |