Balík: libseqlib2 (1.2.0+dfsg-11 a iné)

[ Zdroj: libseqlib  ]

C++ htslib/bwa-mem/fermi interface for interrogating sequence data

C++ API and command line tool that provides a rapid and user-friendly interface to BAM/SAM/CRAM files, global sequence alignment operations and sequence assembly. Four C libraries perform core operations in SeqLib: HTSlib for BAM access, BWA-MEM and BLAT for sequence alignment and Fermi for error correction and sequence assembly. Benchmarking indicates that SeqLib has lower CPU and memory requirements than leading C++ sequence analysis APIs. Minimal SeqLib code can extract, error-correct and assemble reads from a CRAM file and then align with BWA-MEM. SeqLib also provides additional capabilities, including chromosome-aware interval queries and read plotting. Command line tools are available for performing integrated error correction, micro-assemblies and alignment.

Značky: Role: Shared Library

Ostatné balíky súvisiace s balíkom libseqlib2

• dep: libbz2-1.0 [sparc64]

  kvalitná knižnica na komprimáciu súborov s triedením blokov - dynamická knižnica

• dep: libc6 (>= 2.33) [nie alpha, armel, armhf, ia64, m68k, sh4]

  knižnica GNU C - zdieľané knižnice
  tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.34) [armel, armhf, m68k]

  dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.33) [alpha]

  knižnica GNU C - zdieľané knižnice
  tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libfml0 (>= 0.1+git20190320.b499514)

  library for assembling Illumina short reads in small regions

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, i386, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

  podporná knižnica GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64, sh4]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  podporná knižnica GCC

• dep: libhts3t64 (>= 1.17)

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libjsoncpp25 (>= 1.9.5)

  library for reading and writing JSON for C++

• dep: liblzma5 (>= 5.1.1alpha+20110809) [sparc64]

  komprimačná knižnica formátu XZ

• dep: libssw0 (>= 1.1)

  fast SIMD parallelized implementation of the Smith-Waterman algorithm

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  štandardná knižnica C++ GNU v3

• dep: libunwind8 [ia64]

  nnižnica na určenie na určenie postupnosti volania programu - dynamické súbory

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [nie armel, armhf, m68k, sh4]

  komprimačná knižnica - dynamická verzia

  dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3) [armel, armhf, m68k, sh4]

Stiahnuť libseqlib2

Stiahnuť pre všetky dostupné architektúry

Architektúra	Verzia	Veľkosť balíka	Nainštalovaná veľkosť	Súbory
alpha (neoficiálny port)	1.2.0+dfsg-11+b1	148.5 kB	538.0 kB	[zoznam súborov]
amd64	1.2.0+dfsg-11+b1	167.7 kB	569.0 kB	[zoznam súborov]
arm64	1.2.0+dfsg-11+b1	140.9 kB	468.0 kB	[zoznam súborov]
armel	1.2.0+dfsg-11+b1	132.9 kB	431.0 kB	[zoznam súborov]
armhf	1.2.0+dfsg-11+b1	135.8 kB	335.0 kB	[zoznam súborov]
i386	1.2.0+dfsg-11+b1	174.9 kB	511.0 kB	[zoznam súborov]
ia64 (neoficiálny port)	1.2.0+dfsg-11+b1	192.3 kB	885.0 kB	[zoznam súborov]
m68k (neoficiálny port)	1.2.0+dfsg-11+b1	152.1 kB	475.0 kB	[zoznam súborov]
mips64el	1.2.0+dfsg-11+b1	140.6 kB	558.0 kB	[zoznam súborov]
ppc64 (neoficiálny port)	1.2.0+dfsg-11+b1	164.4 kB	661.0 kB	[zoznam súborov]
ppc64el	1.2.0+dfsg-11+b1	165.1 kB	597.0 kB	[zoznam súborov]
riscv64	1.2.0+dfsg-11+b1	155.1 kB	404.0 kB	[zoznam súborov]
s390x	1.2.0+dfsg-11+b1	154.8 kB	512.0 kB	[zoznam súborov]
sh4 (neoficiálny port)	1.2.0+dfsg-11+b1	177.9 kB	470.0 kB	[zoznam súborov]
sparc64 (neoficiálny port)	1.2.0+dfsg-11+b1	129.8 kB	1,061.0 kB	[zoznam súborov]
x32 (neoficiálny port)	1.2.0+dfsg-11+b1	162.8 kB	471.0 kB	[zoznam súborov]