パッケージ: abyss (2.3.10-1 など)

[ ソース: abyss  ]

de novo, parallel, sequence assembler for short reads

ABySS is a de novo, parallel, sequence assembler that is designed for short reads. It may be used to assemble genome or transcriptome sequence data. Parallelization is achieved using MPI, OpenMP and pthread.

タグ: 分野: 生物学, 実装言語: C, ユーザインタフェース: コマンドライン, 役割: プログラム

その他の abyss 関連パッケージ

• dep: bsdextrautils

  extra utilities from 4.4BSD-Lite

• dep: libc6 (>= 2.38)

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [ppc64el, riscv64 以外]

  GCC 共有ライブラリ

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [riscv64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4) [ppc64el]

• dep: libgomp1 (>= 4.9)

  GCC OpenMP (GOMP) サポートライブラリ

• dep: libopenmpi40 (>= 5.0.6)

  high performance message passing library -- shared library

• dep: libsqlite3-0 (>= 3.5.9)

  SQLite 3 共有ライブラリ

• dep: libstdc++6 (>= 14)

  GNU 標準 C++ ライブラリ v3

• dep: make

  コンパイルを制御するユーティリティ

• dep: openmpi-bin

  high performance message passing library -- binaries

• dep: openmpi-common

  high performance message passing library -- common files

• dep: perl

  Larry Wall 作の実用的な抽出とレポート用の言語

abyss のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード

アーキテクチャ	バージョン	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
amd64	2.3.10-1+b1	3,246.5 kB	10,021.0 kB	[ファイル一覧]
arm64	2.3.10-1+b1	3,000.6 kB	10,681.0 kB	[ファイル一覧]
mips64el	2.3.10-1+b1	3,135.6 kB	12,561.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64el	2.3.10-1+b1	3,163.1 kB	12,409.0 kB	[ファイル一覧]
riscv64	2.3.10-1+b1	3,185.2 kB	8,245.0 kB	[ファイル一覧]