Package: stacks (2.55+dfsg-1)

[ Source: stacks  ]

catena di elaborazione dati per costruire loci da sequenze di letture brevi di DNA

Stacks è una catena di software per elaborazione dati per costruire loci da sequenze di letture brevi di DNA, come quelle generate sulla piattaforma Illumina. Stacks è stato sviluppato per lavorare con dati basati su enzimi di restrizione, come RAD-seq, con lo scopo di costruire mappe genetiche e condurre genomica delle popolazioni e filogeografia.

Notare che questo pacchetto installa Stacks in modo che tutti i comandi devono essere eseguiti come: $ stacks <NOME_COMANDO> <ARGOMENTI>

Other Packages Related to stacks

• dep: libc6 (>= 2.29)

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libdbi-perl

  Perl Database Interface (DBI)

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [not armel, armhf, ppc64el]

  libreria di supporto a GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4) [ppc64el]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

• dep: libgomp1 (>= 6)

  libreria di supporto GOMP (GCC OpenMP)

• dep: libhts3 (>= 1.10)

  libreria C per formati di dati di sequenziamento ad alte prestazioni

• dep: libstdc++6 (>= 9)

  libreria GNU Standard C++, versione 3

• dep: samtools

  elaborazioni di allineamenti di sequenze nei formati SAM, BAM e CRAM

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.6)

  libreria di compressione - runtime

• rec: libspreadsheet-writeexcel-perl

  modulo per creare fogli di calcolo Excel

• rec: littler

  interfaccia di GNU R per script e riga di comando -- pacchetto di transizione
  also a virtual package provided by r-cran-littler

• rec: python3

  linguaggio interattivo di alto livello orientato agli oggetti (versione python3 predefinita)

Download stacks

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
amd64	1,041.1 kB	5,465.0 kB	[list of files]
arm64	910.1 kB	4,849.0 kB	[list of files]
armel	875.0 kB	4,664.0 kB	[list of files]
armhf	900.6 kB	3,312.0 kB	[list of files]
i386	1,112.2 kB	5,680.0 kB	[list of files]
mips64el	990.5 kB	6,867.0 kB	[list of files]
mipsel	1,014.9 kB	6,522.0 kB	[list of files]
ppc64el	1,033.4 kB	6,741.0 kB	[list of files]
s390x	912.5 kB	5,601.0 kB	[list of files]