Package: centrifuge (1.0.4.2-1 and others)

[ Source: centrifuge  ]

sistema rapido ed efficiente nell'uso della memoria per classificare sequenze di DNA

Centrifuge è un sistema molto rapido e che usa la memoria in maniera efficiente per la classificazione di sequenze di DNA da campioni microbici, con migliore sensibilità e accuratezza paragonabile rispetto ad altri sistemi all'avanguardia. Il sistema usa un innovativo schema di indicizzazione basato sulla trasformata di Burrows-Wheeler (BWT) e l'indice Ferragina-Manzini (FM), ottimizzati specificamente per il problema della classificazione metagenomica. Centrifuge richiede un indice relativamente piccolo (es. 4,3 GB per ~4100 genomi batterici) ma fornisce una velocità di classificazione molto alta, permettendogli di elaborare una tipica esecuzione di sequenziamento di DNA entro un'ora. Insieme, questi progressi permettono analisi tempestive e accurate di vasti insiemi di dati metagenomici su normali computer da tavolo.

Other Packages Related to centrifuge

• dep: hisat2

  allineamento basato su grafi di letture corte di nucleotidi verso molti genomi

• dep: jellyfish

  conta i k-meri in sequenze di DNA

• dep: libc6 (>= 2.34) [hppa]

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.38) [not hppa, ia64, loong64]

  dep: libc6 (>= 2.40) [loong64]

• dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6.1-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [not hppa, ia64, riscv64]

  libreria di supporto a GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [riscv64]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  libreria di supporto a GCC

• dep: libstdc++6 (>= 11) [hppa]

  libreria GNU Standard C++, versione 3

  dep: libstdc++6 (>= 13.1) [not hppa]

• dep: libunwind8 [ia64]

  libreria per tracciare la catena di chiamate di un programma - runtime

• dep: python3

  linguaggio interattivo di alto livello orientato agli oggetti (versione python3 predefinita)

Download centrifuge

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
amd64	1.0.4.2-1	568.7 kB	1,781.0 kB	[list of files]
arm64	1.0.4.2-1	520.8 kB	1,671.0 kB	[list of files]
hppa (unofficial port)	1.0.3-11	597.6 kB	1,679.0 kB	[list of files]
ia64 (unofficial port)	1.0.3-12	779.7 kB	3,011.0 kB	[list of files]
loong64 (unofficial port)	1.0.4.2-1	531.1 kB	1,607.0 kB	[list of files]
mips64el	1.0.4.2-1	539.0 kB	1,903.0 kB	[list of files]
ppc64el	1.0.4.2-1	578.0 kB	1,864.0 kB	[list of files]
riscv64	1.0.4.2-1	589.5 kB	1,415.0 kB	[list of files]