Пакет: centrifuge (1.0.4.2-1 и другие)

[ Источник: centrifuge  ]

rapid and memory-efficient system for classification of DNA sequences

Centrifuge is a very rapid and memory-efficient system for the classification of DNA sequences from microbial samples, with better sensitivity than and comparable accuracy to other leading systems. The system uses a novel indexing scheme based on the Burrows-Wheeler transform (BWT) and the Ferragina-Manzini (FM) index, optimized specifically for the metagenomic classification problem. Centrifuge requires a relatively small index (e.g., 4.3 GB for ~4,100 bacterial genomes) yet provides very fast classification speed, allowing it to process a typical DNA sequencing run within an hour. Together these advances enable timely and accurate analysis of large metagenomics data sets on conventional desktop computers.

Другие пакеты, относящиеся к centrifuge

• dep: hisat2

  graph-based alignment of short nucleotide reads to many genomes

• dep: jellyfish

  count k-mers in DNA sequences

• dep: libc6 (>= 2.34) [hppa]

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.38) [не hppa, ia64, loong64]

  dep: libc6 (>= 2.40) [loong64]

• dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6.1-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [не hppa, ia64, riscv64]

  вспомогательная библиотека GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [riscv64]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  вспомогательная библиотека GCC

• dep: libstdc++6 (>= 11) [hppa]

  стандартная библиотека GNU C++ версии 3

  dep: libstdc++6 (>= 13.1) [не hppa]

• dep: libunwind8 [ia64]

  библиотека для выявления цепочки вызовов функций в программе

• dep: python3

  интерактивный высокоуровневый объектно-ориентированный язык (версия python3 по умолчанию)

Загрузка centrifuge

Загрузить для всех доступных архитектур

Архитектура	Версия	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
amd64	1.0.4.2-1	568,7 Кб	1 781,0 Кб	[список файлов]
arm64	1.0.4.2-1	520,8 Кб	1 671,0 Кб	[список файлов]
hppa (неофициальный перенос)	1.0.3-11	597,6 Кб	1 679,0 Кб	[список файлов]
ia64 (неофициальный перенос)	1.0.3-12	779,7 Кб	3 011,0 Кб	[список файлов]
loong64 (неофициальный перенос)	1.0.4.2-1	531,1 Кб	1 607,0 Кб	[список файлов]
mips64el	1.0.4.2-1	539,0 Кб	1 903,0 Кб	[список файлов]
ppc64el	1.0.4.2-1	578,0 Кб	1 864,0 Кб	[список файлов]
riscv64	1.0.4.2-1	589,5 Кб	1 415,0 Кб	[список файлов]