Balík: centrifuge (1.0.4.2-1 a iné)

[ Zdroj: centrifuge  ]

rapid and memory-efficient system for classification of DNA sequences

Centrifuge is a very rapid and memory-efficient system for the classification of DNA sequences from microbial samples, with better sensitivity than and comparable accuracy to other leading systems. The system uses a novel indexing scheme based on the Burrows-Wheeler transform (BWT) and the Ferragina-Manzini (FM) index, optimized specifically for the metagenomic classification problem. Centrifuge requires a relatively small index (e.g., 4.3 GB for ~4,100 bacterial genomes) yet provides very fast classification speed, allowing it to process a typical DNA sequencing run within an hour. Together these advances enable timely and accurate analysis of large metagenomics data sets on conventional desktop computers.

Ostatné balíky súvisiace s balíkom centrifuge

• dep: hisat2

  graph-based alignment of short nucleotide reads to many genomes

• dep: jellyfish

  count k-mers in DNA sequences

• dep: libc6 (>= 2.34) [hppa]

  knižnica GNU C - zdieľané knižnice
  tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.38) [nie hppa, ia64, loong64]

  dep: libc6 (>= 2.40) [loong64]

• dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

  knižnica GNU C - zdieľané knižnice
  tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6.1-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [nie hppa, ia64, riscv64]

  podporná knižnica GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [riscv64]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  podporná knižnica GCC

• dep: libstdc++6 (>= 11) [hppa]

  štandardná knižnica C++ GNU v3

  dep: libstdc++6 (>= 13.1) [nie hppa]

• dep: libunwind8 [ia64]

  nnižnica na určenie na určenie postupnosti volania programu - dynamické súbory

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

Stiahnuť centrifuge

Stiahnuť pre všetky dostupné architektúry

Architektúra	Verzia	Veľkosť balíka	Nainštalovaná veľkosť	Súbory
amd64	1.0.4.2-1	568.7 kB	1,781.0 kB	[zoznam súborov]
arm64	1.0.4.2-1	520.8 kB	1,671.0 kB	[zoznam súborov]
hppa (neoficiálny port)	1.0.3-11	597.6 kB	1,679.0 kB	[zoznam súborov]
ia64 (neoficiálny port)	1.0.3-12	779.7 kB	3,011.0 kB	[zoznam súborov]
loong64 (neoficiálny port)	1.0.4.2-1	531.1 kB	1,607.0 kB	[zoznam súborov]
mips64el	1.0.4.2-1	539.0 kB	1,903.0 kB	[zoznam súborov]
ppc64el	1.0.4.2-1	578.0 kB	1,864.0 kB	[zoznam súborov]
riscv64	1.0.4.2-1	589.5 kB	1,415.0 kB	[zoznam súborov]