Pakiet: centrifuge (1.0.4.2-1 i inne)

[ Pakiet źródłowy: centrifuge  ]

rapid and memory-efficient system for classification of DNA sequences

Centrifuge is a very rapid and memory-efficient system for the classification of DNA sequences from microbial samples, with better sensitivity than and comparable accuracy to other leading systems. The system uses a novel indexing scheme based on the Burrows-Wheeler transform (BWT) and the Ferragina-Manzini (FM) index, optimized specifically for the metagenomic classification problem. Centrifuge requires a relatively small index (e.g., 4.3 GB for ~4,100 bacterial genomes) yet provides very fast classification speed, allowing it to process a typical DNA sequencing run within an hour. Together these advances enable timely and accurate analysis of large metagenomics data sets on conventional desktop computers.

Inne pakiety związane z centrifuge

• dep: hisat2

  graph-based alignment of short nucleotide reads to many genomes

• dep: jellyfish

  count k-mers in DNA sequences

• dep: libc6 (>= 2.34) [hppa]

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.38) [nie hppa, ia64]

• dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6.1-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [nie hppa, ia64, riscv64]

  Biblioteka wspomagająca GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [riscv64]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  Biblioteka wspomagająca GCC

• dep: libstdc++6 (>= 11) [hppa]

  Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3

  dep: libstdc++6 (>= 13.1) [nie hppa]

• dep: libunwind8 [ia64]

  Biblioteka do ustalania łańcucha wywołań programu - środowisko uruchomieniowe

• dep: python3

  Interaktywny, wysokopoziomowy i obiektowy język programowania (domyślna wersja Python 3)

Pobieranie centrifuge

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Wersja	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
amd64	1.0.4.2-1	568,7 KiB	1 781,0 KiB	[lista plików]
arm64	1.0.4.2-1	520,8 KiB	1 671,0 KiB	[lista plików]
hppa (port nieoficjalny)	1.0.3-11	597,6 KiB	1 679,0 KiB	[lista plików]
ia64 (port nieoficjalny)	1.0.3-12	779,7 KiB	3 011,0 KiB	[lista plików]
mips64el	1.0.4.2-1	539,0 KiB	1 903,0 KiB	[lista plików]
ppc64el	1.0.4.2-1	578,0 KiB	1 864,0 KiB	[lista plików]
riscv64	1.0.4.2-1	589,5 KiB	1 415,0 KiB	[lista plików]