Package: centrifuge (1.0.3-8)

[ Source: centrifuge  ]

sistema rapido ed efficiente nell'uso della memoria per classificare sequenze di DNA

Centrifuge è un sistema molto rapido e che usa la memoria in maniera efficiente per la classificazione di sequenze di DNA da campioni microbici, con migliore sensibilità e accuratezza paragonabile rispetto ad altri sistemi all'avanguardia. Il sistema usa un innovativo schema di indicizzazione basato sulla trasformata di Burrows-Wheeler (BWT) e l'indice Ferragina-Manzini (FM), ottimizzati specificamente per il problema della classificazione metagenomica. Centrifuge richiede un indice relativamente piccolo (es. 4,3 GB per ~4100 genomi batterici) ma fornisce una velocità di classificazione molto alta, permettendogli di elaborare una tipica esecuzione di sequenziamento di DNA entro un'ora. Insieme, questi progressi permettono analisi tempestive e accurate di vasti insiemi di dati metagenomici su normali computer da tavolo.

Other Packages Related to centrifuge

• dep: hisat2

  allineamento basato su grafi di letture corte di nucleotidi verso molti genomi

• dep: jellyfish

  conta i k-meri in sequenze di DNA

• dep: libc6 (>= 2.29)

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [not armel, armhf, i386]

  libreria di supporto a GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386]

• dep: libstdc++6 (>= 9)

  libreria GNU Standard C++, versione 3

• dep: python3

  linguaggio interattivo di alto livello orientato agli oggetti (versione python3 predefinita)

Download centrifuge

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
amd64	525.0 kB	1,669.0 kB	[list of files]
arm64	492.5 kB	1,463.0 kB	[list of files]
armel	489.3 kB	1,491.0 kB	[list of files]
armhf	483.2 kB	1,171.0 kB	[list of files]
i386	545.5 kB	1,799.0 kB	[list of files]
mips64el	523.3 kB	1,805.0 kB	[list of files]
ppc64el	551.4 kB	1,787.0 kB	[list of files]