Package: hisat2 (2.2.1-5 and others)

[ Source: hisat2  ]

allineamento basato su grafi di letture corte di nucleotidi verso molti genomi

HISAT2 è un programma di allineamento veloce e sensibile per mappare le letture di sequenziamento della prossima generazione (sia DNA che RNA) su una popolazione di genomi umani (e anche su un singolo genoma di riferimento). Sulla base di un'estensione di BWT per i grafi, è stato progettato e implementato un indice GFM (graph FM). Oltre a usare un indice GFM globale che rappresenta una popolazione di genomi umani, HISAT2 usa un grande insieme di piccoli indici GFM che collettivamente coprono l'intero genoma (ciascun indice rappresenta una regione genomica di 56 kbp, con 55000 indici necessari per coprire la popolazione umana). Questi piccoli indici (chiamati indici locali), combinati con diverse strategie di allineamento, permettono un allineamento rapido e accurato delle letture di sequenziamento. Questo nuovo schema di indicizzazione è chiamato indice HGFM (Hierarchical Graph FM).

Other Packages Related to hisat2

• dep: libc6 (>= 2.29) [x32]

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.38) [not alpha, ia64, x32]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

  libreria di supporto a GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, ia64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  libreria di supporto a GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  libreria di supporto a GCC

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [not x32]

  libreria GNU Standard C++, versione 3

  dep: libstdc++6 (>= 9) [x32]

• dep: libunwind8 [ia64]

  libreria per tracciare la catena di chiamate di un programma - runtime

• dep: perl

  "Practical Extraction and Report Language" di Larry Wall

• dep: python3

  linguaggio interattivo di alto livello orientato agli oggetti (versione python3 predefinita)

• rec: bcftools

  identificazione di varianti genomiche e manipolazione di file VCF/BCF

• rec: python3-hisat2

  Python scripts accompanying hisat2

• rec: samtools

  elaborazioni di allineamenti di sequenze nei formati SAM, BAM e CRAM

Download hisat2

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
alpha (unofficial port)	2.2.1-5	3,723.9 kB	14,324.0 kB	[list of files]
amd64	2.2.1-5+b1	3,716.7 kB	14,675.0 kB	[list of files]
arm64	2.2.1-5+b2	3,493.3 kB	13,419.0 kB	[list of files]
armel	2.2.1-5+b1	3,465.4 kB	13,653.0 kB	[list of files]
armhf	2.2.1-5+b1	3,412.6 kB	12,055.0 kB	[list of files]
hppa (unofficial port)	2.2.1-5	3,910.1 kB	14,542.0 kB	[list of files]
i386	2.2.1-5+b1	3,629.3 kB	15,219.0 kB	[list of files]
ia64 (unofficial port)	2.2.1-4+b3	4,617.6 kB	20,576.0 kB	[list of files]
m68k (unofficial port)	2.2.1-5+b1	3,452.0 kB	14,573.0 kB	[list of files]
mips64el	2.2.1-5+b1	3,543.7 kB	14,549.0 kB	[list of files]
ppc64 (unofficial port)	2.2.1-5+b1	3,588.0 kB	14,251.0 kB	[list of files]
ppc64el	2.2.1-5+b1	3,652.9 kB	14,187.0 kB	[list of files]
riscv64	2.2.1-5+b1	3,821.9 kB	12,775.0 kB	[list of files]
s390x	2.2.1-5+b1	3,246.2 kB	13,693.0 kB	[list of files]
sparc64 (unofficial port)	2.2.1-5+b1	3,383.5 kB	15,875.0 kB	[list of files]
x32 (unofficial port)	2.2.0-2	3,563.7 kB	14,217.0 kB	[list of files]