Paketti: centrifuge (1.0.4.2-1 ja muut)

[ Source: centrifuge  ]

rapid and memory-efficient system for classification of DNA sequences

Centrifuge is a very rapid and memory-efficient system for the classification of DNA sequences from microbial samples, with better sensitivity than and comparable accuracy to other leading systems. The system uses a novel indexing scheme based on the Burrows-Wheeler transform (BWT) and the Ferragina-Manzini (FM) index, optimized specifically for the metagenomic classification problem. Centrifuge requires a relatively small index (e.g., 4.3 GB for ~4,100 bacterial genomes) yet provides very fast classification speed, allowing it to process a typical DNA sequencing run within an hour. Together these advances enable timely and accurate analysis of large metagenomics data sets on conventional desktop computers.

Muut pakettiin centrifuge liittyvät paketit

• dep: hisat2

  graph-based alignment of short nucleotide reads to many genomes

• dep: jellyfish

  count k-mers in DNA sequences

• dep: libc6 (>= 2.34) [hppa]

  GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
  myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.38) [ei hppa, ia64]

• dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

  GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
  myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6.1-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [ei hppa, ia64, riscv64]

  GCC:n apukirjasto

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [riscv64]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  GCC:n apukirjasto

• dep: libstdc++6 (>= 11) [hppa]

  GNU standardi C++ -kirjasto, versio 3

  dep: libstdc++6 (>= 13.1) [ei hppa]

• dep: libunwind8 [ia64]

  library to determine the call-chain of a program - runtime

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

Imuroi centrifuge

Imurointi kaikille saataville arkkitehtuureille

Arkkitehtuuri	Versio	Paketin koko	Koko asennettuna	Tiedostot
amd64	1.0.4.2-1	568.7 kt	1,781.0 kt	[tiedostoluettelo]
arm64	1.0.4.2-1	520.8 kt	1,671.0 kt	[tiedostoluettelo]
hppa (epävirallinen siirros)	1.0.3-11	597.6 kt	1,679.0 kt	[tiedostoluettelo]
ia64 (epävirallinen siirros)	1.0.3-12	779.7 kt	3,011.0 kt	[tiedostoluettelo]
mips64el	1.0.4.2-1	539.0 kt	1,903.0 kt	[tiedostoluettelo]
ppc64el	1.0.4.2-1	578.0 kt	1,864.0 kt	[tiedostoluettelo]
riscv64	1.0.4.2-1	589.5 kt	1,415.0 kt	[tiedostoluettelo]