[ ソース: centrifuge ]
パッケージ: centrifuge (1.0.4.2-1 など)
centrifuge に関するリンク
Debian の資源:
centrifuge ソースパッケージをダウンロード:
メンテナ:
外部の資源:
- ホームページ [ccb.jhu.edu]
類似のパッケージ:
rapid and memory-efficient system for classification of DNA sequences
Centrifuge is a very rapid and memory-efficient system for the classification of DNA sequences from microbial samples, with better sensitivity than and comparable accuracy to other leading systems. The system uses a novel indexing scheme based on the Burrows-Wheeler transform (BWT) and the Ferragina-Manzini (FM) index, optimized specifically for the metagenomic classification problem. Centrifuge requires a relatively small index (e.g., 4.3 GB for ~4,100 bacterial genomes) yet provides very fast classification speed, allowing it to process a typical DNA sequencing run within an hour. Together these advances enable timely and accurate analysis of large metagenomics data sets on conventional desktop computers.
その他の centrifuge 関連パッケージ
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- dep: hisat2
- graph-based alignment of short nucleotide reads to many genomes
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- dep: jellyfish
- count k-mers in DNA sequences
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- dep: libc6 (>= 2.34) [hppa]
- GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb
- dep: libc6 (>= 2.38) [hppa, ia64 以外]
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- dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]
- GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6.1-udeb
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- dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [hppa, ia64, riscv64 以外]
- GCC 共有ライブラリ
- dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [riscv64]
- dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]
-
- dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]
- GCC 共有ライブラリ
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- dep: libstdc++6 (>= 11) [hppa]
- GNU 標準 C++ ライブラリ v3
- dep: libstdc++6 (>= 13.1) [hppa 以外]
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- dep: libunwind8 [ia64]
- プログラムのコールチェーン測定ライブラリ - ランタイム版
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- dep: python3
- interactive high-level object-oriented language (default python3 version)
centrifuge のダウンロード
| アーキテクチャ | バージョン | パッケージサイズ | インストールサイズ | ファイル |
|---|---|---|---|---|
| amd64 | 1.0.4.2-1 | 568.7 kB | 1,781.0 kB | [ファイル一覧] |
| arm64 | 1.0.4.2-1 | 520.8 kB | 1,671.0 kB | [ファイル一覧] |
| hppa (非公式の移植版) | 1.0.3-11 | 597.6 kB | 1,679.0 kB | [ファイル一覧] |
| ia64 (非公式の移植版) | 1.0.3-12 | 779.7 kB | 3,011.0 kB | [ファイル一覧] |
| mips64el | 1.0.4.2-1 | 539.0 kB | 1,903.0 kB | [ファイル一覧] |
| ppc64el | 1.0.4.2-1 | 578.0 kB | 1,864.0 kB | [ファイル一覧] |
| riscv64 | 1.0.4.2-1 | 589.5 kB | 1,415.0 kB | [ファイル一覧] |