Paquet : muscle (1:5.1.0-1 et autres)

[ Paquet source : muscle  ]

programme d'alignements multiples de séquences de protéine

MUSCLE est un programme d'alignements multiples de séquences de protéine. L'acronyme MUSCLE signifie « MUltiple Sequence Comparison by Log-Expectation ». D'après les tests des auteurs, MUSCLE réalise les meilleurs résultats de tous les programmes testés sur plusieurs bancs de mesure concernant la précision d'alignement et est aussi un des plus rapides.

Muscle v5 est une réécriture majeure de MUSCLE basée sur de nouveaux algorithmes.

Les utilisateurs doivent faire attention à ce que les arguments de ligne de commande ne sont plus les mêmes que ceux des versions 3.x de MUSCLE.

Meilleure précision, extensible à des milliers de séquences

Comparé aux version précédentes, Muscle v5 est plus précis, souvent plus rapide et extensible à des ensembles de données plus grands. Au moment de son écriture (fin 2021), Muscle v5 réalise les meilleurs scores sur plusieurs bancs d’essai dont Balibase, Bralibase, Prefab et Balifam. Il peut aligner des milliers de séquences avec une grande précision sur un ordinateur de bas prix (par exemple, un CPU 8 cœurs d’Intel avec 32 Gb de RAM). Pour de grands ensembles de données, Muscle v5 est 20 à 30 % plus précis que MAFFT et Clustal-Omega.

Ensembles d’alignements

Muscle v5 peut générer des ensembles d’alignements alternatifs de haute précision. Toutes les réplications ont une précision moyenne égale lors de test sur banc d’essai, y compris les alignements multiples de séquences avec les paramètres par défaut. En comparant les résultats d’analyse en aval (arbres, prédiction de structure…) de différentes réplications, il est possible d’évaluer les effets des erreurs d’alignements lors d’études.

Étiquettes: Biologie: Clustal et ALN, Protéines, Domaine: field::biology, field::biology:bioinformatics, Mis en œuvre en: implemented-in::c++, interface::commandline, Rôle: Programme, Champ d'application: Utilitaire, But: use::comparing, works-with-format::plaintext, Fonctionne avec: Étiquette supplémentaire nécessaire

Autres paquets associés à muscle

• dep: libc6 (>= 2.34) [non arm64]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.39) [arm64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [non armel, armhf, riscv64]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [riscv64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

• dep: libgomp1 (>= 4.9)

  bibliothèque GCC pour OpenMP (GOMP)

• dep: libstdc++6 (>= 11) [non arm64, riscv64]

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

  dep: libstdc++6 (>= 13.1) [riscv64]

  dep: libstdc++6 (>= 14) [arm64]

• enh: seaview

  interface multiplateforme pour l’alignement de séquences et la phylogénie

• enh: t-coffee

  alignement multiple de séquences

Télécharger muscle

Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
amd64	1:5.1.0-1	290,4 ko	843,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	1:5.1.0-1+b1	272,1 ko	860,0 ko	[liste des fichiers]
armel	1:5.1.0-1	238,0 ko	794,0 ko	[liste des fichiers]
armhf	1:5.1.0-1	242,3 ko	538,0 ko	[liste des fichiers]
i386	1:5.1.0-1	303,8 ko	922,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	1:5.1.0-1	278,3 ko	1 104,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	1:5.1.0-1	309,8 ko	1 051,0 ko	[liste des fichiers]
riscv64	1:5.1.0-1+b1	305,9 ko	700,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	1:5.1.0-1	260,2 ko	879,0 ko	[liste des fichiers]