Paketti: stacks (2.62+dfsg-1)

[ Source: stacks  ]

pipeline for building loci from short-read DNA sequences

Stacks is a software pipeline for building loci from short-read sequences, such as those generated on the Illumina platform. Stacks was developed to work with restriction enzyme-based data, such as RAD-seq, for the purpose of building genetic maps and conducting population genomics and phylogeography.

Note that this package installs Stacks such that all commands must be run as: $ stacks <cmdname> <args>

Muut pakettiin stacks liittyvät paketit

• dep: libc6 (>= 2.34)

  GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
  myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6-udeb

• dep: libdbi-perl

  Perl Database Interface (DBI)

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [ei armel, armhf, ppc64el]

  GCC:n apukirjasto

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4) [ppc64el]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

• dep: libgomp1 (>= 6)

  GCC OpenMP (GOMP) support library

• dep: libhts3 (>= 1.10)

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libstdc++6 (>= 11)

  GNU standardi C++ -kirjasto, versio 3

• dep: samtools

  processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.6)

  pakkauskirjaston ajonaikaistiedostot

• rec: libspreadsheet-writeexcel-perl

  module to create Excel spreadsheets

• rec: littler

  GNU R scripting and command-line front-end -- transition package
  myös näennäispaketti, jonka toteuttaa r-cran-littler

• rec: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

Imuroi stacks

Imurointi kaikille saataville arkkitehtuureille

Arkkitehtuuri	Paketin koko	Koko asennettuna	Tiedostot
amd64	1,097.7 kt	5,453.0 kt	[tiedostoluettelo]
arm64	955.8 kt	5,203.0 kt	[tiedostoluettelo]
armel	923.7 kt	5,118.0 kt	[tiedostoluettelo]
armhf	947.0 kt	3,774.0 kt	[tiedostoluettelo]
i386	1,177.1 kt	5,834.0 kt	[tiedostoluettelo]
mips64el	1,042.4 kt	7,497.0 kt	[tiedostoluettelo]
mipsel	1,058.5 kt	6,945.0 kt	[tiedostoluettelo]
ppc64el	1,093.5 kt	6,931.0 kt	[tiedostoluettelo]
s390x	961.6 kt	5,715.0 kt	[tiedostoluettelo]